Данные о приблизительном значении pI, полученные в ходе фракционирования пептидов методом изоэлектрического фокусирования, могут быть с успехом использованы для расчёта шкалы значений pKa аминокислотных остатков, на основании которой можно предсказать pI для любого произвольного пептида. Такого рода данные содержат информацию о различных посттрансляционных модификациях (PTM), благодаря чему предсказания pI могут быть осуществлены для широкого спектра белковых форм. В настоящей работе расчёт шкалы значений pKa проведён на основании выборки в 13448 пептидов, 300 из которых имели PTM значимые для расчёта pI. Константы для N-концевых и C-концевых аминокислотных остатков учитывались самостоятельно. Сравнительный анализ показывает, что использование нашей шкалы повышает точность предсказания pI как для пептидов, так и для белков, с успехом конкурируя как с традиционными шкалами, так и с узкоспециализированными методами предсказания, такими как методы опорных векторов и искусственных нейронных сетей. Использовать данную шкалу для предсказания pI можно с помощью разработанной нами программы с графическим интерфейсом, написанной на языке JAVA в виде исполняемого jar-архива. Программа свободна для использования академическими пользователями и доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/pIPredict. В программе реализованы также возможности предсказания по ряду других широко распространённых шкал, учёта некоторых PTM и добавления собственных вариантов шкалы.
Скворцов В.С., Алексейчук Н.Н., Худяков Д.В., Ромеро Рейес И.В. (2015) pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков. Биомедицинская химия, 61(1), 83-91.
Скворцов В.С. и др. pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков // Биомедицинская химия. - 2015. - Т. 61. -N 1. - С. 83-91.
Скворцов В.С. и др., "pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков." Биомедицинская химия 61.1 (2015): 83-91.
Скворцов, В. С., Алексейчук, Н. Н., Худяков, Д. В., Ромеро, Рейес, И. В. (2015). pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков. Биомедицинская химия, 61(1), 83-91.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750815030099
Список литературы
Giglione C., Boularot A., Meinnel T. (2004) Cellular and Molecular Life Sciences CMLS, 61, 1455-1474. CrossRef Scholar google search
Heller M., Ye M., Michel P.E., Morier P., Stalder D., Jünger M.A. at al. (2005) J. proteome res., 4(6), 2273-2282. CrossRef Scholar google search
Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D., Bairoch A. (2005) The Proteomics Protocols Handbook, pp 571-6071. CrossRef Scholar google search
Patrickios C.S. (1995) J. Colloid and Interface Sci., 175, 256-256. doi:10.1006/jcis.1995.1454. CrossRef Scholar google search
Perez-Riverol Y., Audain E., Millan A., Ramos Y., Sanchez A., Vizcaíno J. A., Wang R., Muller M., Machado Y.J., Betancourt L.H., Padrón G., Besada V. (2012) J. Proteom., 75, 2269-2274. CrossRef Scholar google search
Gauci S., Van Breukelen B., Lemeer S.M., Krijgsveld J., Heck A.J. (2008) Proteomics, 8, 4898-4906. CrossRef Scholar google search
Ромеро Рейес И.В. (2014) Оценка аффинности комплексов белок-лиганд с применением нейронных сетей, Диссертация на соискание учёной степени к.ф-м.н., Москва, 107 с. Scholar google search
Wong P., Walter M., Lee W., Mannhaupt G., Münsterkötter M., Mewes H.W., Adam G., Güldener U. (2011) Nucleic Acids Research, 39(suppl. 1): D637-D639. CrossRef Scholar google search
