pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков

   
Скворцов В.С.1 , Алексейчук Н.Н.1, Худяков Д.В.1, Ромеро Рейес И.В.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Раздел: Биоинформатика/Протеомика
DOI: 10.18097/PBMC20156101083      Идентификатор PubMed: 25762601
Год: 2015  том: 61  выпуск: 1  страницы: 83-91
Данные о приблизительном значении pI, полученные в ходе фракционирования пептидов методом изоэлектрического фокусирования, могут быть с успехом использованы для расчёта шкалы значений pKa аминокислотных остатков, на основании которой можно предсказать pI для любого произвольного пептида. Такого рода данные содержат информацию о различных посттрансляционных модификациях (PTM), благодаря чему предсказания pI могут быть осуществлены для широкого спектра белковых форм. В настоящей работе расчёт шкалы значений pKa проведён на основании выборки в 13448 пептидов, 300 из которых имели PTM значимые для расчёта pI. Константы для N-концевых и C-концевых аминокислотных остатков учитывались самостоятельно. Сравнительный анализ показывает, что использование нашей шкалы повышает точность предсказания pI как для пептидов, так и для белков, с успехом конкурируя как с традиционными шкалами, так и с узкоспециализированными методами предсказания, такими как методы опорных векторов и искусственных нейронных сетей. Использовать данную шкалу для предсказания pI можно с помощью разработанной нами программы с графическим интерфейсом, написанной на языке JAVA в виде исполняемого jar-архива. Программа свободна для использования академическими пользователями и доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/pIPredict. В программе реализованы также возможности предсказания по ряду других широко распространённых шкал, учёта некоторых PTM и добавления собственных вариантов шкалы.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: пептид, изоэлектрическая точка, посттрансляционные модификации, предсказание свойств
Цитирование:

Скворцов, В. С., Алексейчук, Н. Н., Худяков, Д. В., Ромеро, Рейес, И. В. (2015). pIPredict – компьютерная программа для предсказания изоэлектрической точки пептидов и белков. Биомедицинская химия, 61(1), 83-91.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750815030099
Список литературы  
 2020 (том 66)
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)