Статья обобщает достижения пилотной фазы (2010-2014 гг.) российской части международного проекта “Протеом человека” и определяет направления дальнейших работ по исследованию протеома, кодируемого генами хромосомы 18 человека (2015-2022 гг.). Пилотная фаза проекта была сфокусирована на детектировании как минимум одного белка для каждого белок-кодирующего гена хромосомы 18 в трёх типах биологического материала: плазме крови, клетках печени и клеточной линии HepG2. Использование масс-спектрометрической детекции белков методом мониторинга множественных реакций (ММР) и гено-центричного подхода позволило детектировать 95% мастерных (немодифицированных белков, содержащих канонические аминокислотные последовательности) форм белков, из которых для 60% получена оценка количественного содержания белка хотя бы в одном типе биологического материала. Задачей основной фазы проекта является определение размеров протеома здорового человека с учётом модифицированных форм белков; оно предусматривает как биоинформатическое предсказание количества видов белков, так и выборочное экспериментальное измерение отдельных форм. Работы основной фазы проекта сфокусированы на исследовании здорового (обследованного) человека, поскольку не определены диапазоны концентраций белков, соответствующие нормальному физиологическому состоянию. Отсутствие этих данных существенно осложняет интерпретацию протеомных профилей крови пациентов, что препятствует созданию диагностических тестов. В долгосрочной перспективе реализация проекта предусматривает создание на основе ММР диагностической тест-системы для количественного измерения форм белков, ассоциированных с развитием заболеваний. Создание подобных тест-систем позволит предсказывать степень риска возникновения тех или иных заболеваний, диагностировать заболевания на ранних стадиях и проводить мониторинг эффективности лечения.
Пономаренко Е.А., Згода В.Г., Копылов А.Т., Поверенная Е.В., Ильгисонис Е.В., Лисица А.В., Арчаков А.И. (2015) Россия в международном проекте “протеом человека”:первые итоги и перспективы. Биомедицинская химия, 61(2), 169-175.
Пономаренко Е.А. и др. Россия в международном проекте “протеом человека”:первые итоги и перспективы // Биомедицинская химия. - 2015. - Т. 61. -N 2. - С. 169-175.
Пономаренко Е.А. и др., "Россия в международном проекте “протеом человека”:первые итоги и перспективы." Биомедицинская химия 61.2 (2015): 169-175.
Пономаренко, Е. А., Згода, В. Г., Копылов, А. Т., Поверенная, Е. В., Ильгисонис, Е. В., Лисица, А. В., Арчаков, А. И. (2015). Россия в международном проекте “протеом человека”:первые итоги и перспективы. Биомедицинская химия, 61(2), 169-175.
Venter J.C., Adams M.D., Myers E.W., Li P.W., Mural R.J., Sutton G.G., Smith H.O., Yandell M., Evans C.A., Holt R.A. et al. (2001) Science (New York), 291, 1304-1351. CrossRef Scholar google search
Archakov A., Zgoda V., Kopylov A., Naryzhny S., Chernobrovkin A., Ponomarenko E., Lisitsa A. (2012) Expert Rev. Proteomics, 9, 667–676. CrossRef Scholar google search
Paik Y.-K., Omenn G.S., Uhlen M., Hanash S., Marko-Varga G., Aebersold R., Bairoch A., Yamamoto T., Legrain P., Lee H.-J. et al. (2012) J. Proteome Res., 11, 2005-2013. Retrieved from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22443261. CrossRef Scholar google search
Archakov A., Aseev A., Bykov V., Grigoriev A., Govorun V., Ivanov V., Khlunov A., Lisitsa A., Mazurenko S., Makarov A.A., Ponomarenko E., Sagdeev R., Skryabin K. (2011) Proteomics, 11, 1853–1856. CrossRef Scholar google search
Ponomarenko E., Poverennaya E., Pyatnitskiy M., Lisitsa A., Moshkovskii S., Ilgisonis E., Chernobrovkin A., Archakov A. (2012) Omics: Journal of Integrative Biology, 16, 604–611. Scholar google search
Zarzour P., Boelen L., Luciani F., Beck D., Sakthianandeswaren A., Mouradov D., Sieber O.M., Hawkins N.J., Hesson L.B., Ward L.R., Wong H.J. (2015) Genes, Chromosomes, Cancer. Scholar google search
McDonough C.W., Bostrom M.A., Lu L., Hicks P.J., Langefeld C.D., Divers J., Mychaleckyj J.C., Freedman B.I., Bowden D.W. (2009) Human Genetics, 126, 805–817. CrossRef Scholar google search
