1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия;Петербургский институт ядерной физики имени Б.П. Константинова, Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”, Ленинградская область, г. Гатчина, Россия 2. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия 3. Петербургский институт ядерной физики имени Б.П. Константинова, Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”, Ленинградская область, г. Гатчина, Россия
Огромный диапазон концентраций различных протеоформ и недостаточная чувствительность современных методов их детектирования не позволяют пока напрямую определить размеры протеомов (количество всех протеоформ), особенно в плазме. В наших исследованиях была предпринята оценка размера протеомов разного происхождения (начиная с клеток разного типа и заканчивая плазмой человека). Это было сделано на основе использования двумерного электрофореза (2-DE) с последующим окрашиванием белков красителями разной чувствительности. Была определена формула зависимости количества детектируемых полипептидов (пятен) в двумерном геле от чувствительности красителя. Экстраполируя данную зависимость на область чувствительности, позволяющую детектировать самую малую единичную молекулу белка, было подсчитано, что одна клетка человека (HepG2) может содержать около 70000 видов белка, а вся плазма – 1,5 млн. Применение данного подхода к другим клеточным объектам показало правомочность такой экстраполяции. Так, для гепатоцита получилось 70000 протеоформ, микоплазмы (Acholeplasma laidlawii) – 1100, дрожжей (Saccharomyces cerevisiae) – 40000, Escherichia coli – 6200, Pyrococcus furiosus – 3400. Важность полученных результатов состоит в том, что на их основании можно судить об организации протеома человека и планировать дальнейшие ходы по изучению его функционирования.
Нарыжный С.Н., Згода В.Г., Майнскова М.А., Ронжина Н.Л., Белякова Н.В., Легина О.К., Арчаков А.И. (2015) Экспериментальная оценка размера протеомов клеток и плазмы крови человека. Биомедицинская химия, 61(2), 279-285.
Нарыжный С.Н. и др. Экспериментальная оценка размера протеомов клеток и плазмы крови человека // Биомедицинская химия. - 2015. - Т. 61. -N 2. - С. 279-285.
Нарыжный С.Н. и др., "Экспериментальная оценка размера протеомов клеток и плазмы крови человека." Биомедицинская химия 61.2 (2015): 279-285.
Нарыжный, С. Н., Згода, В. Г., Майнскова, М. А., Ронжина, Н. Л., Белякова, Н. В., Легина, О. К., Арчаков, А. И. (2015). Экспериментальная оценка размера протеомов клеток и плазмы крови человека. Биомедицинская химия, 61(2), 279-285.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750815040034
Список литературы
Wilkins M.R., Appel R.D., Van Eyk J.E., Chung M.C.M., Görg A., Hecker M., Huber L.A., Langen H., Link A.J., Paik Y.-K. et al. (2006) Proteomics, 6, 4-8. CrossRef Scholar google search
Archakov A., Zgoda V., Kopylov A., Naryzhny S., Chernobrovkin A., Ponomarenko E., Lisitsa A. (2012) Expert Rev. Proteomics, 6, 667-676. CrossRef Scholar google search
Naryzhny S., Lisitsa A., Zgoda V., Ponomarenko E., Archakov A. (2014) Electrophoresis, 35, 895-900. CrossRef Scholar google search
Omenn G.S., States D.J., Adamski M., Blackwell T.W., Menon R., Hermjakob H., Apweiler R., Haab B.B., Simpson R.J., Eddes J.S. et al. (2005) Proteomics, 5, 3226-3245. CrossRef Scholar google search
Nagaraj N., Wisniewski J.R., Geiger T., Cox J., Kircher M., Kelso J., Pääbo S., Mann M. (2011) Mol. Systems Biology, 7, 548. CrossRef Scholar google search
Richardson M.R., Liu S., Ringham H.N., Chan V., Witzmann F.A. (2008) Electrophoresis, 12, 2637–2644. CrossRef Scholar google search
Tonella L., Walsh B.J., Sanchez J.C., Ou K., Wilkins M.R., Tyler M., Frutiger S., Gooley A.A., Pescaru I., Appel R.D. et al. (1998) Electrophoresis, 11, 1960-1971. CrossRef Scholar google search
Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J. (1994) Mol. Biol. Cell (3rd edn.), NYC: Garland Publishing. Scholar google search
Lodish H., Berk A., Zipursky S.L., Matsudaira P., Baltimore D., Darnell J. (2000) Molecular Cell Biology (4th edn.), NYC: W.H. Freeman and Company. Scholar google search
Lim H., Yates III, J.R. (2001) Encyclopedia of Life Sciences. www.els.net. Scholar google search
