Программа ProteoCat предназначена для помощи исследователям при планировании широкомасштабных протеомных экспериментов. Центральной частью программы является модуль симуляциигидролиза, поддерживающий 4 протеазы (трипсин, лизин С, эндопротеиназы AspN и GluC). Для полученных в результате виртуального гидролиза или загруженных пептидов рассчитывается или предсказывается ряд важных для масс-спектрометрического эксперимента свойств, по которым данные могут быть проанализированы и отфильтрованы. Для предсказания pI и оценки вероятности детекции пептида в программе использованы новые улучшенные модификации описанных ранее собственных методов; pI также может быть предсказано по ряду популярных шкал pKa, предложенных другими исследователями. Предсказание времени удержания пептида реализовано в виде алгоритма аналогичного используемому в программе SSRCalc. Используя ProteoCat можно оценить степень покрытия аминокислотной последовательности анализируемых белков при заданных ограничениях на детекцию пептидов, а также возможность сборки протяжённых пептидов из фрагментов с установленными пользователем минимальными размерами “липких” концов. Программа имеет графический интерфейс, написана на языке JAVA и доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/ProteoCat.
Скворцов В.С. и др. Программа ProteoCat как инструмент планирования протеомного эксперимента // Биомедицинская химия. - 2015. - Т. 61. -N 6. - С. 770-776.
Скворцов В.С. и др., "Программа ProteoCat как инструмент планирования протеомного эксперимента." Биомедицинская химия 61.6 (2015): 770-776.
Скворцов, В. С., Алексейчук, Н. Н., Худяков, Д. В., Микурова, А. В., Рыбина, А. В., Новикова, С. Е., Тихонова, О. В. (2015). Программа ProteoCat как инструмент планирования протеомного эксперимента. Биомедицинская химия, 61(6), 770-776.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750816030148
Mazzucchelli G., Zimmerman T., Smargiasso N., Baiwir D., Meuwis M.A., De Pauw E. (2015) De novo sequencing using MELD proteolysis coupled to a “sequence assembly” algorithm In 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry & Allied Topics, http://hdl.handle.net/2268/182843. Scholar google search
Branca R.M., Orre L.M., Johansson H.J., Granholm V., Huss M., Pérez-Bercoff A. et al. (2014) Nature methods, 11(1), 59-62. CrossRef Scholar google search
Heller M., Ye M., Michel P.E., Morier P., Stalder D., Jünger M.A. et al. (2005) J. Proteome Res., 4(6), 2273-2282. CrossRef Scholar google search
