1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия 2. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия; Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова, Москва, Россия
Посттранскрипционное редактирование РНК специфичными аденозиндезаминазами ADAR, обнаруженное уже более двух десятилетий назад, обеспечивает дополнительную регуляцию транскриптома животных и человека. Преимущественно оно происходит в нервной ткани, причем в ходе реакции аденозин в особых участках РНК преобразуется в инозин. В случае мРНК остаток инозина распознается на рибосоме как гуанозин, что приводит к аминокислотным заменам при трансляции. Хотя такие замены влияют на функцию белков, например, субъединиц глутаматного рецептора, бóльшая часть работ по редактированию РНК, даже кодирующей белок, использует только анализ нуклеиновых кислот. В данном обзоре мы обосновываем необходимость использования панорамной протеомики, основанной на хромато-масс-спектрометрии высокого разрешения, для непосредственной оценки последствий редактирования РНК на белковом уровне. Разработанные в последние годы способы обработки больших массивов данных позволяют совместить результаты различных “омик”-подходов в так называемой протеогеномике. Предложенный протеогеномный подход для анализа последствий редактирования РНК на белковом уровне позволит непосредственно проводить качественный и количественный анализ отредактированных участков белков в масштабах протеома с изучением, в том числе, клинической значимости этого явления в патологиях нервной системы.
Ключникова А.А., Кузнецова К.Г., Мошковский С.А. (2016) Редактирование матричной РНК аденозиндезаминазами ADAR: анализ на протеомном уровне. Биомедицинская химия, 62(5), 510-519.
Ключникова А.А. и др. Редактирование матричной РНК аденозиндезаминазами ADAR: анализ на протеомном уровне // Биомедицинская химия. - 2016. - Т. 62. -N 5. - С. 510-519.
Ключникова А.А. и др., "Редактирование матричной РНК аденозиндезаминазами ADAR: анализ на протеомном уровне." Биомедицинская химия 62.5 (2016): 510-519.
Ключникова, А. А., Кузнецова, К. Г., Мошковский, С. А. (2016). Редактирование матричной РНК аденозиндезаминазами ADAR: анализ на протеомном уровне. Биомедицинская химия, 62(5), 510-519.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S199075081701005X
Takenaka M., Verbitskiy D., Zehrmann A., Härtel B., Bayer-Császár E., Glass F., Brennicke A. (2014) Mitochondrion, 19, 191-197. CrossRef Scholar google search
Vissel B., Royle G.A., Christie B.R., Schiffer H.H., Ghetti A., Tritto T., Perez-Otano I., Radcliffe R.A., Seamans J., Sejnowski T. et al. (2001) Neuron, 29, 217-227. CrossRef Scholar google search
Alon S., Mor E., Vigneaul F.T., Church G.M., Locatelli F., Galeano F., Gallo A., Shomron N., Eisenberg E. (2012) Genome Res., 22, 1533-1540. CrossRef Scholar google search
Li Q., Wang Z., Lian J., Schiøtt M., Jin L., Zhang P., Zhang Y., Nygaard S., Peng Z., Zhou Y., Deng Y., Zhang W., Boomsma J.J., Zhang G. (2014) Nat. Commun., 5, 4943. CrossRef Scholar google search
Rieder L.E., Savva Y.A., Reyna M.A., Chang Y.-J., Dorsky J.S., Rezaei A., Reenan R.A. (2015) BMC Biol., 13, 1. CrossRef Scholar google search
Rula E.Y., Lagrange A.H., Jacobs M.M., Hu N., Macdonald R.L., Emeson R.B. (2008) J. Neurosci., 28, 6196-6201. CrossRef Scholar google search
Higuchi M., Maas S., Single F.N., Hartner J., Rozov A., Burnashev N., Feldmeyer D., Sprengel R., Seeburg P.H. (2000) Nature, 406, 78-81. CrossRef Scholar google search
Hartner J.C., Schmittwolf C., Kispert A., Müller A.M., Higuchi M., Seeburg P.H. (2004) J. Biol. Chem., 279, 4894-4902. CrossRef Scholar google search
Ramaswami G., Lin W., Piskol R., Tan M.H., Davis C., Li J.B. (2012) Nat. Methods, 9, 579-581. CrossRef Scholar google search
Peng Z., Cheng Y., Tan B.C.-M., Kang L., Tian Z., Zhu Y., Zhang W., Liang Y., Hu X., Tan X., Guo J., Dong Z., Liang Y., Bao L., Wang J. (2012) Nat. Biotechnol., 30, 253-260. CrossRef Scholar google search
Ramaswami G., Zhang R., Piskol R., Keegan L.P., Deng P., O’Connell M.A., Li J.B. (2013) Nat. Methods, 10, 128-132. CrossRef Scholar google search
Ramaswami G., Li J.B. (2014) Nucleic Acids Res., 42, D109-113. Scholar google search
Kiran A.M., O’Mahony J.J., Sanjeev K., Baranov P.V. (2013) Nucleic Acids Res., 41, D258-261. Scholar google search
Wilhelm M., Schlegl J., Hahne H., Gholami A.M., Lieberenz M., Savitski M.M., Ziegler E., Butzmann L., Gessulat S., Marx H. et al. (2014) Nature, 509, 582-587. CrossRef Scholar google search
Menon R., Im H., Zhang E.Y., Wu S.-L., Chen R., Snyder M., Hancock W.S., Omenn G.S. (2014) J. Proteome Res., 13, 212-227. CrossRef Scholar google search
Li J., Su Z., Ma Z.-Q., Slebos R.J.C., Halvey P., Tabb D.L., Liebler D.C., Pao W., Zhang B. (2011) Mol. Cell. Proteomics, 10, M110.006536. Scholar google search
Forbes S.A., Beare D., Gunasekaran P., Leung K., Bindal N., Boutselakis H., Ding M., Bamford S., Cole C., Ward S. et al. (2015) Nucleic Acids Res., 43, D805-811. Scholar google search
Woo S., Cha S.W., Na S., Guest C., Liu T., Smith R.D., Rodland K.D., Payne S., Bafna V. (2014) Proteomics, 14, 2719-2730. CrossRef Scholar google search
Ruggles K.V., Tang Z., Wang X., Grover H., Askenazi M., Teubl J., Cao S., McLellan M.D., Clauser K.R., Tabb D.L. et al. (2016) Mol. Cell. Proteomics, 15, 1060-1071. CrossRef Scholar google search
Mertins P., Mani D.R., Ruggles K.V., Gillette M.A., Clauser K.R., Wang P., Wang X., Qiao J.W., Cao S., Petralia F. et al. (2016) Nature, 534, 55-62. CrossRef Scholar google search
Huang H., Tan B.Z., Shen Y., Tao J., Jiang F., Sung Y.Y., Ng C.K., Raida M., Köhr G., Higuchi M., Fatemi-Shariatpanahi H., Harden B., Yue D.T., Soong T.W. (2012) Neuron, 73, 304-316. CrossRef Scholar google search
Low T.Y., van Heesch S., van den Toorn H., Giansanti P., Cristobal A., Toonen P., Schafer S., Hübner N., van Breukelen B., Mohammed S., Cuppen E., Heck A.J.R., Guryev V. (2013) Cell Rep., 5, 1469-1478. CrossRef Scholar google search
Polyakova A., Kuznetsova K., Moshkovskii S. (2015) Expert Rev. Proteomics, 1-9. Scholar google search
Chan T.H.M., Lin C.H., Qi L., Fei J., Li Y., Yong K.J., Liu M., Song Y., Chow R.K.K., Ng V.H.E., Yuan Y.-F., Tenen D.G., Guan X.-Y., Chen L. (2014) Gut, 63, 832-843. CrossRef Scholar google search
Melcher T., Maas S., Herb A., Sprengel R., Seeburg P.H., Higuchi M. (1996) Nature, 379, 460-464. CrossRef Scholar google search
Li J.B., Levanon E.Y., Yoon J.-K., Aach J., Xie B., Leproust E., Zhang K., Gao Y., Church G.M. (2009) Science, 324, 1210-1213. CrossRef Scholar google search
Bazak L., Haviv A., Barak M., Jacob-Hirsch J., Deng P., Zhang R., Isaacs F.J., Rechavi G., Li J.B., Eisenberg E., Levanon E.Y. (2014) Genome Res., 24, 365-376. CrossRef Scholar google search
Streit A.K., Matschke L.A., Dolga A.M., Rinné S., Decher N. (2014) J. Biol. Chem., 289, 26762-26771. CrossRef Scholar google search
