Впервые системно рассмотрен конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов Alu-повторов ДНК (Alu). Ретротранспозоны Alu – короткие диспергированные повторы, широко представленные в геномах приматов. На примере последовательностей Alu-интрона проонкогена bcl2 и консенсусного AluSx методом биоинформатического анализа определены характерные сайты (PQS), способные формировать G-квадруплексы (GQ). Показано, что в геноме человека они ассоциированы практически исключительно с Alu-повторами. Cоставлено представление о частотах встречаемости PQSAlu (~1/10000 п.н.); установлено, что они наиболее характерны для молодых (активных) семейств AluY-повторов. Получены рекомбинантные последовательности Alu гена bcl2 (304 п.н.) и мутант Alu-PQS. Методами DMS-футпринтинга и атомно-силовой микроскопии (ACM) показана реализация неканонических структур в составе ДНК Alubcl2 и их отсутствие в Alu-PQS. Получены экспрессионные векторы, несущие вставки природного и мутантного Alu в промоторной области репортерного гена, и сопоставлены их регуляторные эффекты при трансфекции культур клеток НЕК293 и HeLa. Мы предполагаем, что изучение динамики пространственной организации Alu-повторов ДНК может внести вклад в понимание механизмов геномных перестроек, лежащих в основе многих онкологических и нейродегенеративных патологий.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: G-квадруплекс ДНК, Alu-повторы, динамика вторичных структур ДНК
Секридова А.В. и др. Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. I. Неканонические структуры // Биомедицинская химия. - 2016. - Т. 62. -N 5. - С. 535-543.
Секридова А.В. и др., "Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. I. Неканонические структуры." Биомедицинская химия 62.5 (2016): 535-543.
Секридова, А. В., Варижук, А. М., Татаринова, О. Н., Северов, В. В., Баринов, Н. А., Смирнов, И. П., Лазарев, В. Н., Клинов, Д. В., Позмогова, Г. Е. (2016). Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. I. Неканонические структуры. Биомедицинская химия, 62(5), 535-543.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750817010097
Richards S., Aziz N., Bale S., Bick D., Das S., Gastier-Foster J., Grody W.W., Hegde M., Lyon E., Spector E., Voelkerding K., Rehm H.L. (2015) Genet. Med., 17, 405-424. CrossRef Scholar google search
Tatarinova O., Tsvetkov V., Basmanov D., Barinov N., Smirnov I., Timofeev E., Kaluzhny D., Chuvilin A., Klinov D., Varizhuk A., Pozmogova G. (2014) PLoS ONE, 9, e89383. CrossRef Scholar google search
Li X.M., Zheng K.W., Zhang J.Y., Liu H.H., He Y.D., Yuan B.F., Hao Y.H., Tan Z. (2015) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 112, 14581-14586. CrossRef Scholar google search
