Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. I. Неканонические структуры

   
Секридова А.В.1, Варижук А.М.1, Татаринова О.Н.1, Северов В.В.1, Баринов Н.А.1, Смирнов И.П.1, Лазарев В.Н.1, Клинов Д.В.1, Позмогова Г.Е.1

1. Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины, Москва, Россия
Раздел: Экспериментальное исследование
DOI: 10.18097/PBMC20166205535      Идентификатор PubMed: 27797328
Год: 2016  том: 62  выпуск: 5  страницы: 535-543
Впервые системно рассмотрен конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов Alu-повторов ДНК (Alu). Ретротранспозоны Alu – короткие диспергированные повторы, широко представленные в геномах приматов. На примере последовательностей Alu-интрона проонкогена bcl2 и консенсусного AluSx методом биоинформатического анализа определены характерные сайты (PQS), способные формировать G-квадруплексы (GQ). Показано, что в геноме человека они ассоциированы практически исключительно с Alu-повторами. Cоставлено представление о частотах встречаемости PQSAlu (~1/10000 п.н.); установлено, что они наиболее характерны для молодых (активных) семейств AluY-повторов. Получены рекомбинантные последовательности Alu гена bcl2 (304 п.н.) и мутант Alu-PQS. Методами DMS-футпринтинга и атомно-силовой микроскопии (ACM) показана реализация неканонических структур в составе ДНК Alubcl2 и их отсутствие в Alu-PQS. Получены экспрессионные векторы, несущие вставки природного и мутантного Alu в промоторной области репортерного гена, и сопоставлены их регуляторные эффекты при трансфекции культур клеток НЕК293 и HeLa. Мы предполагаем, что изучение динамики пространственной организации Alu-повторов ДНК может внести вклад в понимание механизмов геномных перестроек, лежащих в основе многих онкологических и нейродегенеративных патологий.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: G-квадруплекс ДНК, Alu-повторы, динамика вторичных структур ДНК
Цитирование:

Секридова, А. В., Варижук, А. М., Татаринова, О. Н., Северов, В. В., Баринов, Н. А., Смирнов, И. П., Лазарев, В. Н., Клинов, Д. В., Позмогова, Г. Е. (2016). Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. I. Неканонические структуры. Биомедицинская химия, 62(5), 535-543.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750817010097
Список литературы  
 2020 (том 66)
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)