Показана способность трёх консервативных G-богатых фрагментов Alu-повторов (PQS2, PQS3 и PQS4) формировать in vitro стабильные внутри и межмолекулярные G-квадруплексы (GQ). Спектральными методами определены структура и топология этих фрагментов. Проведено исследование самоассоциации G-богатых фрагментов Alu. С использованием FRET-эффекта впервые показано образование димерных GQ из дистально расположенных сайтов (PQS2)2, (PQS3)2 и PQS2-PQS3 в составе протяжённой однонитевой ДНК. Методами DOSY ЯМР, ACM-микроскопии, дифференциального КД-анализа показано, что олигомер PQS4 (параллельный GQ) образует стопки, стабилизированные стекинг-взаимодействиями внешних G-тетрад. Сравнительный анализ свойств различных GQ позволил высказать предположение об универсальности механизмов межмолекулярных GQ-зависимых геномных перестроек по крайней мере двух типов: образование димерных GQ из фрагментов разных молекул и формирование GQ-GQ-стопок взаимодействием уже сложившихся в составе разных ДНК параллельных GQ. Ассоциация G-богатых мотивов Alu с локусами, чувствительными к разрывам и перестройкам, может быть обусловлена не только особенностями структуры G-богатых фрагментов Alu, но, в первую очередь, их высокой представленностью в геноме.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: G-квадруплекс ДНК, Alu-повторы, динамика вторичных структур ДНК
Варижук А.М. и др. Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. II. потенциальная роль G-квадруплексных структур в геномных перестройках // Биомедицинская химия. - 2016. - Т. 62. -N 6. - С. 630-637.
Варижук А.М. и др., "Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. II. потенциальная роль G-квадруплексных структур в геномных перестройках." Биомедицинская химия 62.6 (2016): 630-637.
Варижук, А. М., Секридова, А. В., Танкевич, М. В., Подгорский, В. С., Смирнов, И. П., Позмогова, Г. Е. (2016). Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. II. потенциальная роль G-квадруплексных структур в геномных перестройках. Биомедицинская химия, 62(6), 630-637.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750817020093
