Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. II. потенциальная роль G-квадруплексных структур в геномных перестройках

   
Варижук А.М.1, Секридова А.В.1, Танкевич М.В.1, Подгорский В.С.1, Смирнов И.П.1, Позмогова Г.Е.1

1. ФНКЦ физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия
Раздел: Экспериментальное исследование
DOI: 10.18097/PBMC20166206630      Идентификатор PubMed: 28026805
Год: 2016  том: 62  выпуск: 6  страницы: 630-637
Показана способность трёх консервативных G-богатых фрагментов Alu-повторов (PQS2, PQS3 и PQS4) формировать in vitro стабильные внутри и межмолекулярные G-квадруплексы (GQ). Спектральными методами определены структура и топология этих фрагментов. Проведено исследование самоассоциации G-богатых фрагментов Alu. С использованием FRET-эффекта впервые показано образование димерных GQ из дистально расположенных сайтов (PQS2)2, (PQS3)2 и PQS2-PQS3 в составе протяжённой однонитевой ДНК. Методами DOSY ЯМР, ACM-микроскопии, дифференциального КД-анализа показано, что олигомер PQS4 (параллельный GQ) образует стопки, стабилизированные стекинг-взаимодействиями внешних G-тетрад. Сравнительный анализ свойств различных GQ позволил высказать предположение об универсальности механизмов межмолекулярных GQ-зависимых геномных перестроек по крайней мере двух типов: образование димерных GQ из фрагментов разных молекул и формирование GQ-GQ-стопок взаимодействием уже сложившихся в составе разных ДНК параллельных GQ. Ассоциация G-богатых мотивов Alu с локусами, чувствительными к разрывам и перестройкам, может быть обусловлена не только особенностями структуры G-богатых фрагментов Alu, но, в первую очередь, их высокой представленностью в геноме.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: G-квадруплекс ДНК, Alu-повторы, динамика вторичных структур ДНК
Цитирование:

Варижук, А. М., Секридова, А. В., Танкевич, М. В., Подгорский, В. С., Смирнов, И. П., Позмогова, Г. Е. (2016). Конформационный полиморфизм G-богатых фрагментов ALU-повторов ДНК. II. потенциальная роль G-квадруплексных структур в геномных перестройках. Биомедицинская химия, 62(6), 630-637.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750817020093
Список литературы  
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)