Создана универсальная модель предсказания торможения нейраминидазы различных штаммах вируса гриппа заданным ингибитором. Она основана на известных данных о трёхмерной структуре (3D) нейраминидазы из различных штаммов вируса гриппа (A/Tokyo/3/67, A/tern/Australia/G70C/75, B/Lee/40), а также моделировании трёхмерной структуры нейраминидазы других штаммов (A/PR/8/34 и A/Aichi/2/68). С использованием докинга и молекулярной динамики были смоделированы 235 комплексов для лигандов с известными значениями IC50 для 185 соединений. Отбор конечных вариантов из трёх промежуточных для каждой пары белок/лиганд и расчёт независимых переменных для построения уравнений линейной регрессии выполнен с использованием MM-PBSA/MM-GBSA. В результате был получен набор уравнений, как для отдельных штаммов, так и уравнение, объединяющее все данные. Таким образом, результаты данной работы показывают реальную возможность предсказания степени ингибирования нейраминидазы для каждого из рассмотренных штаммов произвольным ингибитором и предсказать спектр его действия на различные варианты вируса гриппа.
Микурова А.В. и др. Предсказание селективного торможения нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов потенциальными ингибиторами // Биомедицинская химия. - 2016. - Т. 62. -N 6. - С. 691-703.
Микурова А.В. и др., "Предсказание селективного торможения нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов потенциальными ингибиторами." Биомедицинская химия 62.6 (2016): 691-703.
Микурова, А. В., Рыбина, А. В., Скворцов, В. С. (2016). Предсказание селективного торможения нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов потенциальными ингибиторами. Биомедицинская химия, 62(6), 691-703.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750817020044
Kuntz I.D., Blaney J.M., Oatley S.J., Langridge R., Ferrin T.E. (1982) J. Mol. Biol., 161, 269-288. CrossRef Scholar google search
Case D.A., Darden T., Cheatham T.E. III, Simmerling C., Wang J., Duke R.E., Luo R., Merz K.M., Pearlman D.A., Crowley M. (2006) AMBER 9. University of California, San Francisco, 45. Scholar google search
Kollman P.A., Massova I., Reyes C., Kuhn B., Huo S., Chong L., Lee M., Lee T., Duan Y., Wang W., Donini O., Cieplak P., Srinivasan J., Case D.A., Cheatham T.E. 3rd (2000) Acc. Chem. Res., 33, 889-897. CrossRef Scholar google search
Nguyen T.T., Viet M.H., Li M.S. (2014) The Scientific World Journal, Article ID 536084, 14 pages. Scholar google search
Atigadda V.R., Brouillette W.J., Duarte F., Ali S.M., Babu Y.S., Bantia S., Chand P., Chu N., Montgomery J.A., Walsh D.A., Sudbeck E.A., Finley J., Luo M., Air G.M., Laver G.M. (1999) J. Med. Chem., 42, 2332-2343. CrossRef Scholar google search
Williams M.A., Lew W., Mendel D.B., Tai C.Y., Escarpe P.A., Laver W.G., Stevens R.C., Kim C.U. (1997) Bioorg. Med. Chem. Lett., 7, 1837-1842. CrossRef Scholar google search
Kim C.U., Lew W., Williams M.S., Wu H., Zhang L., Chen X., Escarpe P.A., Mendel D.B., Laver W.G., Stevens R.C. (1998) J. Med. Chem., 41, 2451-2460. CrossRef Scholar google search
Lew W., Wu H., Mendel D.B., Escarpe P.A., Chen X., Laver G., Graves B.J., Kim C.U. (1998) Bioorg. Med. Chem. Lett., 8, 3321-3324. CrossRef Scholar google search
Kim C.U., Lew W., Williams M.A., Liu H.T., Zhang L.J., Swaminathan S., Bischofberger N., Chen M.S., Mendel D.B., Tai C.Y., Laver W.G., Steven R.C. (1997) J. Am. Chem. Soc., 119, 681-690. CrossRef Scholar google search
Bantia S., Parker C.D., Ananth S.L., Horn L.L., Andries K., Chand P., Kotian P.L., Dehghani A., El-Kattan Y., Lin T., Hutchison T.L. (2001) Antimicrob. Agents Chemother., 45(4), 1162-1167. CrossRef Scholar google search
Wang G.T., Chen Y., Wang S., Gentles R., Sowin T., Kati W., Muchmore S., Giranda V., Stewart K., Sham H., Kempf D., Laver W.G. (2001) J. Med. Chem., 44, 1192-1201. CrossRef Scholar google search
Gao L., Zu M., Wu S., Liu A.L., Du G.H. (2011) Bioorgan. Med. Chem. Letts., 21(19), 5964-5970. CrossRef Scholar google search
