Статус метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 в образцах рака предстательной железы человека: сравнительный анализ диагностической информативности методов MS-HRM и гибридизации на ДНК-чипах illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip
1. Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия 2. Московский физико-технический институт (государственный университет), Долгопрудный, Россия 3. Московский государственный медико-стоматологический университет имени А.И. Евдокимова, Москва, Россия 4. Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия; Московский физико-технический институт (государственный университет), Долгопрудный, Россия
В настоящее время существует потребность в молекулярных маркерах рака предстательной железы (РПЖ), уточняющих стратификацию пациентов по категориям риска и дополняющих факторы клинического прогноза. Одним из молекулярных процессов, происходящих при развитии РПЖ, является изменение метилирования ДНК. Для оценки метилирования генов в лабораторной диагностике может быть использована чувствительная к метилированию ПЦР с анализом кривой плавления высокого разрешения (Methylation-Sensitive High Resolution Melting – MS-HRM). Этот метод особенно перспективен с точки зрения небольшого количества требуемой ДНК (10 нг). На сегодняшний день накоплено много данных по изучению уровня метилирования ДНК в образцах РПЖ, полученных с использованием технологии ДНК-чипов “Infinium HumanMethylation450 BeadChip” (HM450). Однако неизвестно, согласуются ли результаты MS-HRM с данными чип-гибридизации. Целью данной работы был сравнительный анализ диагностической информативности методов MS-HRM и чип-гибридизации HM450 при определении степени метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 в образцах, полученных от больных РПЖ. Показано, что метод MS-HRM позволяет дифференцировать образцы опухолевой ткани РПЖ от образцов гистологически неизмененной ткани предстательной железы по уровню метилирования каждого из генов. Анализ данных чип-гибридизации подтвердил результаты, полученные с помощью MS-HRM. Разности уровней метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 между опухолевой тканью и гистологически неизмененной тканью у каждого больного РПЖ, определённые MS-HRM или гибридизацией на чипах, согласовались друг с другом. Таким образом, оценка уровня метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 с помощью MS-HRM может стать основой для разработки лабораторного теста, уточняющего диагностику РПЖ.
Скородумова Л.О., Бабалян К.А., Султанов Р., Васильев А.О., Говоров А.В., Пушкарь Д.Ю., Прилепская Е.А., Даниленко С.А., Генерозов Э.В., Ларин А.К., Кострюкова Е.С., Шарова Е.И. (2016) Статус метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 в образцах рака предстательной железы человека: сравнительный анализ диагностической информативности методов MS-HRM и гибридизации на ДНК-чипах illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip. Биомедицинская химия, 62(6), 708-714.
Скородумова Л.О. и др. Статус метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 в образцах рака предстательной железы человека: сравнительный анализ диагностической информативности методов MS-HRM и гибридизации на ДНК-чипах illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip // Биомедицинская химия. - 2016. - Т. 62. -N 6. - С. 708-714.
Скородумова Л.О. и др., "Статус метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 в образцах рака предстательной железы человека: сравнительный анализ диагностической информативности методов MS-HRM и гибридизации на ДНК-чипах illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip." Биомедицинская химия 62.6 (2016): 708-714.
Скородумова, Л. О., Бабалян, К. А., Султанов, Р., Васильев, А. О., Говоров, А. В., Пушкарь, Д. Ю., Прилепская, Е. А., Даниленко, С. А., Генерозов, Э. В., Ларин, А. К., Кострюкова, Е. С., Шарова, Е. И. (2016). Статус метилирования генов GSTP1, APC и RASSF1 в образцах рака предстательной железы человека: сравнительный анализ диагностической информативности методов MS-HRM и гибридизации на ДНК-чипах illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip. Биомедицинская химия, 62(6), 708-714.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S199075081702007X
Список литературы
Ferlay J., Soerjomataram I., Dikshit R., Eser S., Mathers C., Rebelo M., Parkin D.M., Forman D., Bray F. (2015) Int. J. Cancer, 136(5), E359-E386. Scholar google search
Каприн А.Д., Старинский В.В., Петрова Г.В. (2016) Состояние онкологической помощи населению России в 2015 году, ФГУ “МНИОИ им. П.А. Герцена Росмедтехнологий”, М., 236 с. Scholar google search
Van Neste L., Partin A. W., Stewart G.D., Epstein J.I., Harrison D.J., Van Criekinge W. (2016) Prostate, 76(12), 1078-1087. CrossRef Scholar google search
Rybicki B.A., Rundle A., Kryvenko O.N., Mitrache N., Do K.C., Jankowski M., Chitale D.A., Trudeau S., Belinsky S.A., Tang D. (2016) Int. J. Cancer, 138(12), 2884-2893. CrossRef Scholar google search
Yang B., Bhusari S., Kueck J., Weeratunga P., Wagner J., Leverson G., Huang W., Jarrard D.F. (2013) Neoplasia, 15(4), 399-408. CrossRef Scholar google search
Kobayashi Y., Absher D.M., Gulzar Z.G., Young S.R., McKenney J.K., Peehl D.M., Brooks J.D., Myers R.M., Sherlock G. (2011) Genome Res., 21(7), 1017-1027. CrossRef Scholar google search
Mahapatra S., Klee E.W., Young C.Y., Sun Z., Jimenez R.E., Klee G.G., Tindall D.J., Donkena K.V. (2012) Clin. Cancer Res., 18(10), 2882-2895. CrossRef Scholar google search
Kim J.W., Kim S.T., Turner A.R., Young T., Smith S., Liu W., Lindberg J., Egevad L., Gronberg H., Isaacs W.B., Xu J. (2012) PloS One, 7(10), e48455. CrossRef Scholar google search
Haldrup C., Mundbjerg K., Vestergaard E.M., Lamy P., Wild P., Schulz W.A., Arsov C., Visakorpi T., Borre M., Høyer S., Ørntoft T.F., Sørensen K.D. (2013) J. Clin. Oncol., 31(26), 3250-3258. CrossRef Scholar google search
Geybels M.S., Zhao S., Wong C.J., Bibikova M., Klotzle B., Wu M., Ostrander E.A., Fan J.B., Feng Z., Stanford J.L. (2015) Prostate, 75(16), 1941-1950. CrossRef Scholar google search
Henrique R., Ribeiro F.R., Fonseca D., Hoque M.O., Carvalho A.L., Costa V.L., Pinto M., Oliveira J., Teixeira M.R., Sidransky D., Jerónimo C. (2007) Clin. Cancer Res., 13(20), 6122-6129. CrossRef Scholar google search
Litovkin K., Van Eynde A., Joniau S., Lerut E., Laenen A., Gevaert T., Spahn M., Kneitz B., Gramme P., Helleputte T., Isebaert S., Haustermans K., Helleputte T. (2015) PloS One, 10(6), e0130651. CrossRef Scholar google search
Бабалян К.А., Султанов Р., Генерозов Е.В., Захаржевская Н.Б., Шарова Е.И., Пешков М.Н., Васильев А.О., Говоров А.В., Пушкарь Д.Ю., Прилепская Е.А., Даниленко С.А., Бабикова Е.А., Ларин А.К., Говорун В.М. (2016) Вопросы онкологии, №1, 122-132 . Scholar google search
Spitzwieser M., Holzweber E., Pfeiler G., Hacker S., Cichna-Markl M. (2015) Breast Cancer Res., 17, 125. Scholar google search
Migheli F., Stoccoro A., Coppede F., Omar W.A.W., Failli A., Consolini R., Seccia M., Spisni R., Miccoli P., Mathers J.C., Migliore L. (2013) PLoS One, 8(1), e52501. CrossRef Scholar google search
Assenov Y., Müller F., Lutsik P., Walter J., Lengauer T., Bock C. (2014) Nat. Methods, 11(11), 1138-1140. CrossRef Scholar google search
Teschendorff A.E., Marabita F., Lechner M., Bartlett T., Tegner J., Gomez-Cabrero D., Beck S. (2013) Bioinformatics, 29(2), 189-196. CrossRef Scholar google search
Triche T.J., Weisenberger D.J., Van Den Berg D., Laird P.W., Siegmund K.D. (2013) Nucleic Acids Res., 41(7), e90. Scholar google search
