Достоверность результатов транскриптомного анализа на микрочипах достигается многоступенчатой нормализацией полученных данных. Одно из важных условий для такой нормализации – наличие внутренних контролей. При подготовке проб по стандартному протоколу фирмы Agilent Technologies в качестве таких контролей используется набор Spike-In Kit, представляющий собой смесь разных РНК в известных соотношениях. Синтезированные in vitro молекулы РНК применялись в исследованиях зависимости между интенсивностью флуоресцентного сигнала и наличием РНК в образце. К минусам таких контролей можно отнести сравнительную сложность их получения и нестабильность РНК. Поскольку основой для синтеза меченой кРНК при пробоподготовке по протоколу Agilent является наличие Т7 промотора, мы предположили, что таким же успешным будет синтез любой последовательности, имеющей в начале такой промотор. Более того, в качестве матрицы может выступать молекула ДНК. В ходе нашей работы на примере нескольких генов, включенных в плазмидную ДНК после Т7-промотора, было показано, что такая конструкция является полноценной матрицей для синтеза РНК с включением флуоресцентной метки. По сравнению с классическим типом внутренних контролей на основе РНК, такая матрица отличается стабильностью, простотой изготовления и легко может быть получена в больших количествах.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: микрочипы, плазмидная ДНК, Т7-промотор, уровень флуоресценции, меченая кРНК
Цитирование:
Курбатов Л.К., Згода В.Г. (2016) Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies. Биомедицинская химия, 62(6), 715-719.
Курбатов Л.К. и др. Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies // Биомедицинская химия. - 2016. - Т. 62. -N 6. - С. 715-719.
Курбатов Л.К. и др., "Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies." Биомедицинская химия 62.6 (2016): 715-719.
Курбатов, Л. К., Згода, В. Г. (2016). Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies. Биомедицинская химия, 62(6), 715-719.
Список литературы
Dudley A.M., Aach J., Steffen M.A., Church G.M. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 7554-7559. CrossRef Scholar google search
Carter M.G., Sharov A.A., VanBuren V., Dudekula D.B., Carmack C.E., Nelson C. et al. (2005) Genome Biology, 6, R61. Scholar google search
Kanno J., Aisaki K., Igarashi K., Nakatsu N., Ono A., Kodama Y., Nagao T. (2006) BMC Genomics, 7, p. 64. Scholar google search
Hill A.A., Brown E.L., Whitley M.Z., Tucker-Kellogg G., Hunter C.P., Slonim D.K. (2001) Genome Biology, 2, RESEARCH0055. Scholar google search
van de Peppel J., Kemmeren P., van Bakel H., Radonjic M., van Leenen D., Holstege F.C. (2003) EMBO Rep, 4, 387-393. CrossRef Scholar google search
Kakuhata R., Watanabe M., Yamamoto T., Akamine R., Yamazaki N., Kataoka M. et al. (2007) J. Biochem. Biophys. Methods, 70, 755-760. CrossRef Scholar google search
Hesse J., Jacak J., Kasper M., Regl G., Eichberger T., Winklmayr M., Aberger F., Sonnleitner M., Schlapak R., Howorka S., Muresan L., Frischauf A.M., Schutz G.J. (2006) Genome Res., 16, 1041-1045. CrossRef Scholar google search
Kakuhata R., Watanabe M., YamamotoT., Obana E., Yamazaki N., Kataoka M., Ooie T., Baba Y., Hori T., Shinohara Y. (2008) J. Biochem. Biophys. Methods, 70, 926-931. CrossRef Scholar google search
