Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies

   
Курбатов Л.К.1 , Згода В.Г.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Раздел: Краткое сообщение
DOI: 10.18097/PBMC20166206715      Идентификатор PubMed: 28026817
Год: 2016  том: 62  выпуск: 6  страницы: 715-719
Достоверность результатов транскриптомного анализа на микрочипах достигается многоступенчатой нормализацией полученных данных. Одно из важных условий для такой нормализации – наличие внутренних контролей. При подготовке проб по стандартному протоколу фирмы Agilent Technologies в качестве таких контролей используется набор Spike-In Kit, представляющий собой смесь разных РНК в известных соотношениях. Синтезированные in vitro молекулы РНК применялись в исследованиях зависимости между интенсивностью флуоресцентного сигнала и наличием РНК в образце. К минусам таких контролей можно отнести сравнительную сложность их получения и нестабильность РНК. Поскольку основой для синтеза меченой кРНК при пробоподготовке по протоколу Agilent является наличие Т7 промотора, мы предположили, что таким же успешным будет синтез любой последовательности, имеющей в начале такой промотор. Более того, в качестве матрицы может выступать молекула ДНК. В ходе нашей работы на примере нескольких генов, включенных в плазмидную ДНК после Т7-промотора, было показано, что такая конструкция является полноценной матрицей для синтеза РНК с включением флуоресцентной метки. По сравнению с классическим типом внутренних контролей на основе РНК, такая матрица отличается стабильностью, простотой изготовления и легко может быть получена в больших количествах.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: микрочипы, плазмидная ДНК, Т7-промотор, уровень флуоресценции, меченая кРНК
Цитирование:

Курбатов, Л. К., Згода, В. Г. (2016). Использование ДНК-матрицы в качестве контроля при проведении транскриптомного анализа на стандартных микрочипах Agilent Technologies. Биомедицинская химия, 62(6), 715-719.
Список литературы  
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)