Используя обратную транскрипцию совместно с количественной ПЦР в реальном времени или цифровой капельной ПЦР, проведено профилирование транскриптома хромосомы 18 человека в гепатоцитах печени и клетках гепатобластомы (клеточная линия HepG2) в терминах абсолютного числа копий каждого транскрипта на клетку. Количественная представленность транскриптов варьирует в пределах от 0,006 до 9635 и от 0,011 до 4819 копий на клетку для клеточной линии HepG2 и гепатоцитов печени, соответственно. Обнаружена значительная корреляция между экспрессией генов хромосомы 18 в гепатоцитах и клетках HepG2: коэффициент корреляции Спирмана составил 0,81. Распределение частоты транскриптов по их количественной представленности является бимодальным для клеток линии HepG2 и унимодальным для гепатоцитов печени. Биоинформатический анализ дифференциальной экспрессии генов выявил, что гены хромосомы 18, показывающие повышенную экспрессию в клетках HepG2 по сравнению с гепатоцитами, ассоциированы с процессами клеточного деления и клеточной адгезии. Предполагается, что усиленная экспрессия этих генов связана с пролиферативной активностью культивируемых клеток HepG2. Различия транскриптомных профилей должны учитываться при использовании клеток линии HepG2 в качестве модели гепатоцитов печени.
Киселёва Я.Ю., Птицын К.Г., Тихонова О.В., Радько С.П., Курбатов Л.К., Вахрушев И.В., Згода В.Г., Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Арчаков А.И. (2017) ПЦР-анализ абсолютного числа копий транскриптов хромосомы 18 человека в клетках печени и линии HepG2. Биомедицинская химия, 63(2), 147-153.
Киселёва Я.Ю. и др. ПЦР-анализ абсолютного числа копий транскриптов хромосомы 18 человека в клетках печени и линии HepG2 // Биомедицинская химия. - 2017. - Т. 63. -N 2. - С. 147-153.
Киселёва Я.Ю. и др., "ПЦР-анализ абсолютного числа копий транскриптов хромосомы 18 человека в клетках печени и линии HepG2." Биомедицинская химия 63.2 (2017): 147-153.
Киселёва, Я. Ю., Птицын, К. Г., Тихонова, О. В., Радько, С. П., Курбатов, Л. К., Вахрушев, И. В., Згода, В. Г., Пономаренко, Е. А., Лисица, А. В., Арчаков, А. И. (2017). ПЦР-анализ абсолютного числа копий транскриптов хромосомы 18 человека в клетках печени и линии HepG2. Биомедицинская химия, 63(2), 147-153.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750818010067
Paik Y.K., Jeong S.K., Omenn G.S., Uhlen M., Hanash S., Cho S.Y., Lee H.J., Na K., Choi E.Y., Yan F. et al. (2012) Nat. Biotechnol., 30, 221-223. CrossRef Scholar google search
Archakov A., Zgoda V., Kopylov A., Naryzhny S., Chernobrovkin A., Ponomarenko E., Lisitsa A. (2012) Expert Rev. Proteomics, 9, 667-676. CrossRef Scholar google search
Lopez-Terrada D., Cheung S.W., Finegold M.J., Knowles B.B. (2009) Hum. Pathol., 40, 1512-1515. CrossRef Scholar google search
Chang C., Li L., Zhang C., Wu S., Guo K., Zi J., Chen Z., Jiang J., Ma J., Yu Q. et al. (2014) J. Proteome Res., 13, 38-49. CrossRef Scholar google search
Dituri F., Mazzocca A., Fernando J., Papappicco P., Fabregat I., De Santis F., Paradiso A., Sabba C., Giannelli G. (2013) PLoS One, 8, e67109. CrossRef Scholar google search
