Виртуальный электрофорез в протеомике может быть использован для поиска локализации конкретных белков и протеоформ, особенно если они представлены в низкой концентрации, для формирования гипотез, какие протеоформы обнаруживаются в эксперименте и других задач. В то время как задача предсказания изоэлектрической точки хорошо исследована, вопрос коррекции электрофоретического сдвига относительно молекулярного веса, рассчитанного по аминокислотной последовательности белка, как правило, игнорируется. Для формирования уравнения, корректирующего данную величину, использовались 4 выборки данных, взятых из литературных источников и базы данных SWISS-2DPAGE (123, 72, 118 и 470 наблюдения соответственно). Было построено 2 группы моделей. Первая базировалась на аминокислотном спектре белков, вторая – на анализе параметров, рассчитанных по аминокислотной последовательности (теоретический молекулярный вес, гидрофобность, распределение зарядов, способность образовывать спиральные структуры). В пределах отдельных выборок коэффициент детерминации колебался от 0,35 до 0,75, причём кросс-предсказание между выборками не давало хорошего результата. Однако направление, в какую сторону следует провести коррекцию, в 74% случаев предсказывалось правильно. При объединении выборок и делении коэффициент детерминации при настройке колебался от 0,44 до 0,51, в то же время, R2 предсказания был не хуже 0,39, а направление коррекции предсказывалось правильно в 80% случаев. Созданные модели предсказания интегрированы в программу pIPredict v.2, доступную по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/pIPredict.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: электрофоретический сдвиг, виртуальный электрофорез, статистический анализ
Скворцов В.С. и др. Коррекция электрофоретического сдвига в виртуальном 2D SDS-PAGE электрофорезе // Биомедицинская химия. - 2017. - Т. 63. -N 3. - С. 278-283.
Скворцов В.С. и др., "Коррекция электрофоретического сдвига в виртуальном 2D SDS-PAGE электрофорезе." Биомедицинская химия 63.3 (2017): 278-283.
Скворцов, В. С., Алексейчук, Н. Н., Рыбина, А. В. (2017). Коррекция электрофоретического сдвига в виртуальном 2D SDS-PAGE электрофорезе. Биомедицинская химия, 63(3), 278-283.
