Коррекция электрофоретического сдвига в виртуальном 2D SDS-PAGE электрофорезе

   
Скворцов В.С.1 , Алексейчук Н.Н.1, Рыбина А.В.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Раздел: Краткое сообщение
DOI: 10.18097/PBMC20176303278      Идентификатор PubMed: 28781262
Год: 2017  том: 63  выпуск: 3  страницы: 278-283
Виртуальный электрофорез в протеомике может быть использован для поиска локализации конкретных белков и протеоформ, особенно если они представлены в низкой концентрации, для формирования гипотез, какие протеоформы обнаруживаются в эксперименте и других задач. В то время как задача предсказания изоэлектрической точки хорошо исследована, вопрос коррекции электрофоретического сдвига относительно молекулярного веса, рассчитанного по аминокислотной последовательности белка, как правило, игнорируется. Для формирования уравнения, корректирующего данную величину, использовались 4 выборки данных, взятых из литературных источников и базы данных SWISS-2DPAGE (123, 72, 118 и 470 наблюдения соответственно). Было построено 2 группы моделей. Первая базировалась на аминокислотном спектре белков, вторая – на анализе параметров, рассчитанных по аминокислотной последовательности (теоретический молекулярный вес, гидрофобность, распределение зарядов, способность образовывать спиральные структуры). В пределах отдельных выборок коэффициент детерминации колебался от 0,35 до 0,75, причём кросс-предсказание между выборками не давало хорошего результата. Однако направление, в какую сторону следует провести коррекцию, в 74% случаев предсказывалось правильно. При объединении выборок и делении коэффициент детерминации при настройке колебался от 0,44 до 0,51, в то же время, R2 предсказания был не хуже 0,39, а направление коррекции предсказывалось правильно в 80% случаев. Созданные модели предсказания интегрированы в программу pIPredict v.2, доступную по адресу http://www.ibmc.msk.ru/LPCIT/pIPredict.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: электрофоретический сдвиг, виртуальный электрофорез, статистический анализ
Цитирование:

Скворцов, В. С., Алексейчук, Н. Н., Рыбина, А. В. (2017). Коррекция электрофоретического сдвига в виртуальном 2D SDS-PAGE электрофорезе. Биомедицинская химия, 63(3), 278-283.
Список литературы  
 2020 (том 66)
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)