С использованием трёх программ de novo секвенирования (Novor, PEAKS и PepNovo+) проведена идентификация белков из набора, включающего 48 белков человека (набор UPS2 компании “Sigma-Aldrich”, США). Экспериментальные данные получены при помощи тандемной масс-спектрометрии. В работе исследованы как набор данных белков, так и комбинированные пробы с добавлением экстракта E. coli и плазмы крови человека. При использовании критерия идентификации (два пептида длиной не менее девяти остатков или один пептид не короче 13 остатков) в “чистой” пробе обнаружено 13 (Novor), 20 (Peaks) и 11 (PepNovo+) белков из набора UPS2. Для комбинированных проб результат был или сопоставимым, или хуже. При использовании предсказаний, включающих высокодостоверный фрагмент (TAG) последовательности длиной не менее 7 остатков, и “остаточные” (неидентифицированные) массы с N- и С-концов (PepNovo+), результат существенно улучшается (~20%) и хорошо идентифицируются масс-спектрометрические артефакты и, вероятно, PTM. В работе зарегистрированы нестандартные С-концевые изменения масс (+23,02, +26,04 и +27,03) встречающиеся статистически достоверно. При использовании пептидов, содержащих эти модификации, а также пограничных критериев идентификации, в различных пробах удалось обнаружить 41 из 48 белков набора UPS2.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: панорамная протеомика, de novo секвенирование, масс-спектрометрия, обработка данных
Цитирование:
Скворцов В.С., Микурова А.В., Рыбина А.В. (2017) Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков. Биомедицинская химия, 63(4), 341-350.
Скворцов В.С. и др. Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков // Биомедицинская химия. - 2017. - Т. 63. -N 4. - С. 341-350.
Скворцов В.С. и др., "Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков." Биомедицинская химия 63.4 (2017): 341-350.
Скворцов, В. С., Микурова, А. В., Рыбина, А. В. (2017). Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков. Биомедицинская химия, 63(4), 341-350.
Список литературы
Reddy P.J., Ray S., Srivastava S. (2015) OMICS: A Journal of Integrative Biology, 19(5), 276-282. CrossRef Scholar google search
Lane L., Bairoch A., Beavis R.C., Deutsch E.W., Gaudet P.,Lundberg E., Omenn G.S. (2013) J. Proteome Res., 13(1), 15-20. CrossRef Scholar google search
Nesvizhskii A.I., Aebersold R. (2005) Molecular & Cellular Proteomics, 4(10), 1419-1440. Scholar google search
Gorshkov V., Hotta S.Y.K., Verano-Braga T., Kjeldsen F. (2016) Proteomics, 16(18), 2470-2479. CrossRef Scholar google search
Zhang J., Xin L., Shan B., Chen W., Xie M., Yuen D., Zhang W., Zhang Z., Lajoie G.A., Ma B. (2012) Molecular & Cellular Proteomics, 11(4), M111-010587. CrossRef Scholar google search
Muth T., Weilnböck L., Rapp E., Huber C.G., Martens L., Vaudel M., Barsnes H. (2014) J. Proteome Res., 13(2), 1143-1146. CrossRef Scholar google search
