Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков

   
Скворцов В.С.1 , Микурова А.В.1, Рыбина А.В.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Раздел:
DOI: 10.18097/PBMC20176304341      Идентификатор PubMed: 28862606
Год: 2017  том: 63  выпуск: 4  страницы: 341-350
С использованием трёх программ de novo секвенирования (Novor, PEAKS и PepNovo+) проведена идентификация белков из набора, включающего 48 белков человека (набор UPS2 компании “Sigma-Aldrich”, США). Экспериментальные данные получены при помощи тандемной масс-спектрометрии. В работе исследованы как набор данных белков, так и комбинированные пробы с добавлением экстракта E. coli и плазмы крови человека. При использовании критерия идентификации (два пептида длиной не менее девяти остатков или один пептид не короче 13 остатков) в “чистой” пробе обнаружено 13 (Novor), 20 (Peaks) и 11 (PepNovo+) белков из набора UPS2. Для комбинированных проб результат был или сопоставимым, или хуже. При использовании предсказаний, включающих высокодостоверный фрагмент (TAG) последовательности длиной не менее 7 остатков, и “остаточные” (неидентифицированные) массы с N- и С-концов (PepNovo+), результат существенно улучшается (~20%) и хорошо идентифицируются масс-спектрометрические артефакты и, вероятно, PTM. В работе зарегистрированы нестандартные С-концевые изменения масс (+23,02, +26,04 и +27,03) встречающиеся статистически достоверно. При использовании пептидов, содержащих эти модификации, а также пограничных критериев идентификации, в различных пробах удалось обнаружить 41 из 48 белков набора UPS2.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: панорамная протеомика, de novo секвенирование, масс-спектрометрия, обработка данных
Цитирование:

Скворцов, В. С., Микурова, А. В., Рыбина, А. В. (2017). Применение методов de novo секвенирования для идентификации белков. Биомедицинская химия, 63(4), 341-350.
Список литературы  
 2020 (том 66)
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)