Степень покрытия аминокислотной последовательности при использовании различных методов анализа масс-спектрометрических данных, полученных на модельных белках
В работе проведена оценка на 5 модельных белках (CYB5A, SMAD4, RAB27B, FECH и CXXC1) степени покрытия аминокислотной последовательности в панорамной протеомике при использовании различных методов обработки данных, включающих поисковые системы (Mascot и X!Tandem) и программы de novo секвенирования (PEAKS, Novor и PepNovo+). Для достижения максимального результата в работе применялся мультипротеазный гидролиз (ферменты Трипсин, Lys-С, AspN и GluC) в растворе и по методике FASP. Масс-спектрометрический анализ высокого разрешения проводили с помощью гибридного масс-спектрометра Q Exactive HF в режиме положительной ионизации, родительские ионы с наибольшей интенсивностью и зарядом в диапазоне от +2 до +6, фрагментировали в режиме HCD. Всего было проведено 27 экспериментов (гидролиз каждым из 5 ферментов в растворе; 4 для FASP-протокола, по три технических повтора). При использовании параметров, ограничивающих ложные идентификации пептидов, поисковые системы и программы de novo секвенирования дают сходные результаты. Степень покрытия аминокислотной последовательности не меньше 40%, а в лучших случаях 80-90%. Использование программ de novo секвенирования позволило легко обнаружить аминокислотную замену Y12H в одном из целевых белков (CYB5A).
Загрузить PDF:
Ключевые слова: панорамная протеомика, de novo секвенирование, масс-спектрометрия, обработка данных
Дополнительные материалы:
Цитирование:
Микурова А.В., Новикова С.Е., Скворцов В.С., Алексейчук Н.Н., Рыбина А.В., Мирошниченко Ю.В. (2017) Степень покрытия аминокислотной последовательности при использовании различных методов анализа масс-спектрометрических данных, полученных на модельных белках. Биомедицинская химия, 63(5), 397-404.
Микурова А.В. и др. Степень покрытия аминокислотной последовательности при использовании различных методов анализа масс-спектрометрических данных, полученных на модельных белках // Биомедицинская химия. - 2017. - Т. 63. -N 5. - С. 397-404.
Микурова А.В. и др., "Степень покрытия аминокислотной последовательности при использовании различных методов анализа масс-спектрометрических данных, полученных на модельных белках." Биомедицинская химия 63.5 (2017): 397-404.
Микурова, А. В., Новикова, С. Е., Скворцов, В. С., Алексейчук, Н. Н., Рыбина, А. В., Мирошниченко, Ю. В. (2017). Степень покрытия аминокислотной последовательности при использовании различных методов анализа масс-спектрометрических данных, полученных на модельных белках. Биомедицинская химия, 63(5), 397-404.
Ni W., Lin M., Salinas P., Savickas P., Wu S.L., Karger B.L. (2013) J. Am. Soc. Mass Spectrometry, 24(1), 125-133. CrossRef Scholar google search
Ershov P., Mezentsev Y., Gnedenko O., Mukha D., Yantsevich A., Britikov V., Kaluzhskiy L., Yablokov E., Molnar A., Ivanov A., Lisitsa A., Gilep A., Usanov S. (2012) Proteomics, 12(22), 3295-3298. CrossRef Scholar google search
Vaudel M., Barsnes H., Berven F.S., Sickmann A., Martens L. (2011) Proteomics, 11(5), 996-999. CrossRef Scholar google search
Zhang J., Xin L., Shan B., Chen W., Xie M., Yuen D., Zhang W., Zhang Z., Lajoie G.A., Ma B. (2012) Mol. Cell. Proteomics, 11(4), M111-010587. CrossRef Scholar google search
Muth T., Weilnböck L., Rapp E., Huber C.G., Martens L., Vaudel M., Barsnes H. (2014) J. Proteome Res., 13(2), 1143-1146. CrossRef Scholar google search
