Биоинформатический анализ колокализации генов резистентности и профагов в метагеномах кишечника человека

   
Старикова Е.В.1 , Пряничников Н.А.1, Здобнов Е.2, Говорун В.М.1

1. Федеральный Научно-Клинический Центр Физико-Химической Медицины, Москва, Россия
2. Медицинский Факультет Университета Женевы, Женева, Швейцария
Раздел: Биоинформатика
DOI: 10.18097/PBMC20176306508      Идентификатор PubMed: 29251611
Год: 2017  том: 63  выпуск: 6  страницы: 508-512
Увеличение доли лекарственно-устойчивых штаммов бактерий непосредственно связано с широким применением антибиотиков в медицине и животноводстве. Предполагается, что микрофлора кишечника служит резервуаром генов антибиотикорезистентности, которые могут передаваться от симбиотических бактерий к патогенным микроорганизмам, в том числе в результате фаговой трансдукции. С использованием программы предсказания профагов PHASTER и базы данных генов антибиотикорезистентности CARD проведён поиск генов антибиотикорезистентности, находящихся в составе профагов, в микробном сообществе кишечника человека. В результате анализа метагеномных сборок восьми образцов в составе последовательностей профагов были обнаружены гены lsaE, mdfA и cpxR/cpxA, присутствие которых обеспечивает устойчивость бактерий к антимикробным пептидам, плевромутилину, линкомицинам, стрептограминам группы А, а также множественную лекарственную устойчивость. Из 659 предположительных профагов, предсказанных в метагеномных сборках, три (0,46%) имели в своём составе гены антибиотикорезистентности.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: метагеномика, антибиотикорезистентность, бактериофаги
Цитирование:

Старикова, Е. В., Пряничников, Н. А., Здобнов, Е., Говорун, В. М. (2017). Биоинформатический анализ колокализации генов резистентности и профагов в метагеномах кишечника человека. Биомедицинская химия, 63(6), 508-512.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:
10.1134/S1990750818020129
Список литературы  
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)