Применение ДНК-аптамеров для обогащения низкопредставленных белков в клеточных экстрактах для количественной детекции методом мониторинга выбранных реакций
1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия 2. Российский научный центр рентгенорадиологии, Москва, Россия
В работе исследовано соотношение между количеством белковой мишени (таргетного белка) в сложном биологическом образце и его количеством, определяемым масс-спектрометрическим методом мониторинга выбранных реакций (МВР) при аффинном обогащении таргетного белка с использованием аптамеров, иммобилизованных на твёрдой фазе. Тромбин человека, добавленный в известных концентрациях к клеточным экстрактам, полученным из бактериальных клеток, был использован как модельный таргетный белок. Показано, что аффинное обогащение тромбина в клеточных экстрактах с помощью тромбин-связывающего аптамера, иммобилизованного на поверхности магнитных микросфер, приводит приблизительно к 10-кратному увеличению концентрации таргетного белка и 100-кратному снижению нижнего значения диапазона концентраций, в котором возможна его количественная детекция методом МВР без существенной интерференции со стороны других пептидов, присутствующих в триптическом гидролизате.
Птицын К.Г., Новикова С.Е., Киселёва Я.Ю., Мойса А.А., Курбатов Л.К., Фарафонова Т.Е., Радько С.П., Згода В.Г., Арчаков А.И. (2018) Применение ДНК-аптамеров для обогащения низкопредставленных белков в клеточных экстрактах для количественной детекции методом мониторинга выбранных реакций. Биомедицинская химия, 64(1), 5-9.
Птицын К.Г. и др. Применение ДНК-аптамеров для обогащения низкопредставленных белков в клеточных экстрактах для количественной детекции методом мониторинга выбранных реакций // Биомедицинская химия. - 2018. - Т. 64. -N 1. - С. 5-9.
Птицын К.Г. и др., "Применение ДНК-аптамеров для обогащения низкопредставленных белков в клеточных экстрактах для количественной детекции методом мониторинга выбранных реакций." Биомедицинская химия 64.1 (2018): 5-9.
Птицын, К. Г., Новикова, С. Е., Киселёва, Я. Ю., Мойса, А. А., Курбатов, Л. К., Фарафонова, Т. Е., Радько, С. П., Згода, В. Г., Арчаков, А. И. (2018). Применение ДНК-аптамеров для обогащения низкопредставленных белков в клеточных экстрактах для количественной детекции методом мониторинга выбранных реакций. Биомедицинская химия, 64(1), 5-9.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750818020105
Lee S.J., Adler B., Ekstrom S., Rezeli M., Vegvari A., Park J.W., Malm J., Laurell T. (2014) Anal. Chem., 86, 7627-7634. CrossRef Scholar google search
Gupta V., Lassman M.E., McAvoy T., Lee A.Y., Chappell D.L., Laterza O.F. (2016) Bioanalysis, 8, 1557-1564. CrossRef Scholar google search
