Сравнительное протеомное профилирование ядерной и цитозольной фракций клеточных линий различного происхождения

   
Вахрушев И.В.1 , Новикова C.Е.1, Цветкова А.В.1, Пятницкий М.А.2, Ярыгин К.Н.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
2. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия; Национальный исследовательский университет “Высшая школа экономики”, Москва, Россия
Раздел: Экспериментальное исследование
DOI: 10.18097/PBMC20186403233      Идентификатор PubMed: 29964258
Год: 2018  том: 64  выпуск: 3  страницы: 233-240
Исследование протеома ядерной фракции является важной задачей, поскольку большая часть процессов, происходящих в клетке, инициируется в ядре. Разработка и выбор условий фракционирования клеточных лизатов и параметров масс-спектрометрического детектирования и обработки данных в настоящее время продолжают оставаться актуальными. Представленный в работе масс-спектрометрический анализ апробирован на линиях клеток, происходящих из разных тканей: HL-60 (периферическая кровь), HepG2 (печень), EA.hy926 (эндотелий сосудов). Продемонстрирована высокая воспроизводимость результатов и их согласованность с биологическими свойствами исследованных объектов. Благодаря использованию разного типа клеточных линий выявлен набор из 16 белков, чьи количественные показатели (LFQ – Label-free Quantification Intensity) позволяют дискриминировать ядерную и цитозольную фракции вне зависимости от происхождения клеток. Также предложен набор из 16 белков, чьи LFQ связаны с индивидуальными признаками клеточных линий вне зависимости от фракции. Эти панели белков могут использоваться как индикаторы успешного фракционирования клеточного или тканевого лизата.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: протеомное профилирование, ядерная белковая фракция, HL-60, HepG2, EA.hy926
Дополнительные материалы:
Цитирование:

Вахрушев, И. В., Новикова, C. Е., Цветкова, А. В., Пятницкий, М. А., Ярыгин, К. Н. (2018). Сравнительное протеомное профилирование ядерной и цитозольной фракций клеточных линий различного происхождения. Биомедицинская химия, 64(3), 233-240.
Список литературы  
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)