1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия 2. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия; Национальный исследовательский университет “Высшая школа экономики”, Москва, Россия
Исследование протеома ядерной фракции является важной задачей, поскольку большая часть процессов, происходящих в клетке, инициируется в ядре. Разработка и выбор условий фракционирования клеточных лизатов и параметров масс-спектрометрического детектирования и обработки данных в настоящее время продолжают оставаться актуальными. Представленный в работе масс-спектрометрический анализ апробирован на линиях клеток, происходящих из разных тканей: HL-60 (периферическая кровь), HepG2 (печень), EA.hy926 (эндотелий сосудов). Продемонстрирована высокая воспроизводимость результатов и их согласованность с биологическими свойствами исследованных объектов. Благодаря использованию разного типа клеточных линий выявлен набор из 16 белков, чьи количественные показатели (LFQ – Label-free Quantification Intensity) позволяют дискриминировать ядерную и цитозольную фракции вне зависимости от происхождения клеток. Также предложен набор из 16 белков, чьи LFQ связаны с индивидуальными признаками клеточных линий вне зависимости от фракции. Эти панели белков могут использоваться как индикаторы успешного фракционирования клеточного или тканевого лизата.
Вахрушев И.В., Новикова С.Е., Цветкова А.В., Пятницкий М.А., Ярыгин К.Н. (2018) Сравнительное протеомное профилирование ядерной и цитозольной фракций клеточных линий различного происхождения. Биомедицинская химия, 64(3), 233-240.
Вахрушев И.В. и др. Сравнительное протеомное профилирование ядерной и цитозольной фракций клеточных линий различного происхождения // Биомедицинская химия. - 2018. - Т. 64. -N 3. - С. 233-240.
Вахрушев И.В. и др., "Сравнительное протеомное профилирование ядерной и цитозольной фракций клеточных линий различного происхождения." Биомедицинская химия 64.3 (2018): 233-240.
Вахрушев, И. В., Новикова, С. Е., Цветкова, А. В., Пятницкий, М. А., Ярыгин, К. Н. (2018). Сравнительное протеомное профилирование ядерной и цитозольной фракций клеточных линий различного происхождения. Биомедицинская химия, 64(3), 233-240.
Список литературы
Qi Y.X., Yao Q.P., Huang K., Shi Q., Zhang P., Wang G.L., Han Y., Bao H., Wang L., Li H.P., Shen B.R., Wang Y., Chien S., Jiang Z.L. (2016) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 113(19), 5293-5298. CrossRef Scholar google search
Sjakste N., Sjakste T., Vikmanis U. (2004) Exp. Oncol., 26(3), 170-178. Scholar google search
Bermeo S., Al-Saedi A., Kassem M., Vidal C., Duque G. (2017) J. Cell. Biochem., 118(12), 4425-4435. CrossRef Scholar google search
Shakib K., Norman J.T., Fine L.G., Brown L.R., Godovac-Zimmermann J. (2005) Proteomics, 5(11), 2819-2838. CrossRef Scholar google search
Coscia F., Watters K.M., Curtis M., Eckert M.A., Chiang C.Y., Tyanova S., Montag A., Lastra R.R., Lengyel E., Mann M. (2016) Nat. Commun., 7, 12645. CrossRef Scholar google search
Ota A., Kovary K.M., Wu O.H., Ahrends R., Shen W.J., Costa M.J., Feldman B.J., Kraemer F.B., Teruel M.N. (2015) J. Lipid Res., 56(5), 1068-1078. CrossRef Scholar google search
Kang T., Jensen P., Solovyeva V., Brewer J.R., Larsen M.R. (2018) J. Proteome Res., 17(4), 1664-1676. CrossRef Scholar google search
Luo Y., Hara T., Ishido Y., Yoshihara A., Oda K., Makino M., Ishii N., Hiroi N., Suzuki K. (2014) BMC Immunol., 15, 586. CrossRef Scholar google search
Moulder R., Lonnberg T., Elo L.L., Filen J.J., Rainio E., Corthals G., Oresic M., Nyman T.A., Aittokallio T., Lahesmaa R. (2010) Mol. Cell. Proteomics, 9(9), 1937-1953. CrossRef Scholar google search
Hwang S.I., Lundgren D.H., Mayya V., Rezaul K., Cowan A.E., Eng J.K., Han D.K. (2006) Mol. Cell. Proteomics, 5(6), 1131-1145. CrossRef Scholar google search
Simicevic J., Schmid A.W., Gilardoni P.A., Zoller B., Raghav S.K., Krier I., Gubelmann C., Lisacek F., Naef F., Moniatte M., Deplancke B. (2013) Nat. Methods, 10(6), 570-576. CrossRef Scholar google search
Ahel D., Horejsi Z., Wiechens N., Polo S.E., Garcia-Wilson E., Ahel I., Flynn H., Skehel M., West S.C., Jackson S.P., Owen-Hughes T., Boulton S.J. (2009) Science, 325(5945), 1240-1243. CrossRef Scholar google search
Soubeyrand S., Pope L., Pakuts B., Hache R.J. (2003) Cancer Res., 63(6), 1198-1201. Scholar google search
Yamamori T., DeRicco J., Naqvi A., Hoffman T.A., Mattagajasingh I., Kasuno K., Jung S.B., Kim C.S., Irani K. (2010) Nucleic Acids Res., 38(3), 832-845. CrossRef Scholar google search
Liu G., Razanau A., Hai Y., Yu J., Sohail M., Lobo V.G., Chu J., Kung S.K., Xie J. (2012) J. Biol. Chem., 287(27), 22709-22716. CrossRef Scholar google search
Gozani O., Patton J.G., Reed R. (1994) EMBO J., 13(14), 3356-3367. Scholar google search
Bates G.J., Nicol S.M., Wilson B.J., Jacobs A.M., Bourdon J.C., Wardrop J., Gregory D.J., Lane D.P., Perkins N.D., Fuller-Pace F.V. (2005) EMBO J., 24(3), 543-553. CrossRef Scholar google search
Seo S., Baye L.M., Schulz N.P., Beck J.S., Zhang Q., Slusarski D.C., Sheffield V.C. (2010) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107(4), 1488-1493. CrossRef Scholar google search
Montano M.M., Ekena K., Delage-Mourroux R., Chang W., Martini P., Katzenellenbogen B.S. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96(12), 6947-6952. CrossRef Scholar google search
Shen Y., Gao Y., Yuan H., Cao J., Jia B., Li M., Peng Y., Du X., Zhang J., Shi J. (2018) Int. J. Mol. Med., 41(2), 1147-1155. Scholar google search
