1. Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины, Москва, Россия 2. Государственный научный центр колопроктологии имени А.Н. Рыжих, Москва, Россия 3. Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Сеченовский университет), Москва, Россия
Иммунотерапевтические подходы к лечению онкологических заболеваний являются многообещающим стремительно развивающимся направлением. Одним из методов персонализированной адъювантной иммунотерапии является стимулирование иммунного ответа на мутантные белки опухоли с помощью препаратов на основе неоантигенных пептидов, синтезируемых опухолевыми клетками в результате появления соматических мутаций в их геноме. Технологии скрининга индивидуальных для пациента и потенциально неоантигенных мутаций основаны на высокопроизводительном секвенировании, чаще всего опухолевого экзома, что является сложной и дорогостоящей процедурой. Возможным альтернативным решением является использование для секвенирования таргетных панелей, ограниченных избранными генами. Применение таких панелей может быть более приемлемым и в тех случаях, когда по тем или иным причинам не удаётся получить достаточное количество опухолевой ДНК. Мы оценили потенциал применения таргетных панелей онкологической направленности для детекции неоантигенных соматических вариантов при колоректальном раке (аденокарцинома толстой и прямой кишки). Применяемые в клинической практике методы детектирования некоторых частых соматических вариантов не позволяют получить неоантигенный профиль опухоли, достаточный для дизайна эффективного препарата в случае мало- и среднемутированных раков, к которым относится колоректальный рак. Проведённый нами анализ 11 доступных таргетных панелей, отличающихся по числу охватываемых ими генов, показал, что как большой размер панели, так и специализация состава панели под конкретное заболевание (колоректальный рак) не даёт принципиальных преимуществ при оценке индивидуального неоантигенного профиля. Оптимальным для данной задачи является использование онкопанелей общего профиля, содержащих среднее (2300-11200) количество ампликонов и/или охватывающие 150-600 генов. Такие панели позволяют детектировать достаточное количество иммуногенных эпитопов (>3) для доли пациентов, превышающей показатель в 30-50%.
Каныгина А.В., Шарова Е.И., Султанов Р.И., Шелыгин Ю.А., Долудин Ю.В., Кострюкова Е.С., Генерозов Э.В. (2018) Возможности применения таргетных панелей для определения неоантигенного профиля образцов аденокарциномы толстой и прямой кишки. Биомедицинская химия, 64(6), 517-524.
Каныгина А.В. и др. Возможности применения таргетных панелей для определения неоантигенного профиля образцов аденокарциномы толстой и прямой кишки // Биомедицинская химия. - 2018. - Т. 64. -N 6. - С. 517-524.
Каныгина А.В. и др., "Возможности применения таргетных панелей для определения неоантигенного профиля образцов аденокарциномы толстой и прямой кишки." Биомедицинская химия 64.6 (2018): 517-524.
Каныгина, А. В., Шарова, Е. И., Султанов, Р. И., Шелыгин, Ю. А., Долудин, Ю. В., Кострюкова, Е. С., Генерозов, Э. В. (2018). Возможности применения таргетных панелей для определения неоантигенного профиля образцов аденокарциномы толстой и прямой кишки. Биомедицинская химия, 64(6), 517-524.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750819020045
