1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия 2. Лаборатория химической биологии, Центр исследования онкологии, Национальный институт онкологии, Национальные институты здравоохранения, Фредерик, Мэриленд, США
Несмотря на значительные успехи в применении высокоактивной антиретровирусной терапии, разработка новых препаратов для лечения ВИЧ-инфекции остается актуальной, поскольку существующие лекарственные средства не обеспечивают полного излечения от ВИЧ-инфекции, вызывают серьезные побочные эффекты и приводят к возникновению резистентности. В 2015 году консорциумом американских и европейских ученых и специалистов начат проект по созданию библиотеки SAVI (Synthetically Accessible Virtual Inventory), в рамках которого было сгенерировано in silico свыше 283 млн. структур новых легко-синтезируемых органических молекул с целью поиска среди них более безопасных и эффективных фармакологических веществ. Мы разработали алгоритм сравнения больших химических баз данных (БД) на основе представления структурных формул в формате SMILES и оценили возможности выявления в БД SAVI новых антиретровирусных соединений. Проанализировав пересечение SAVI с 97 млн. структур БД PubChem, мы обнаружили, что лишь малая часть SAVI (~0,015%) представлена в PubChem, что свидетельствует о значительной новизне этой виртуальной библиотеки. Однако, среди этих структур было выявлено 632 соединения, протестированных на анти-ВИЧ активность, из которых 41 обладали искомой активностью. Таким образом, наши исследования впервые продемонстрировали, что SAVI является перспективным источником для поиска новых анти-ВИЧ соединений.
Савосина П.И., Столбов Л.А., Дружиловский Д.С., Филимонов Д.А., Никлаус М., Поройков В.В. (2019) Поиск новых антиретровирусных соединений в химическом пространстве «больших данных» библиотеки SAVI. Биомедицинская химия, 65(2), 73-79.
Савосина П.И. и др. Поиск новых антиретровирусных соединений в химическом пространстве «больших данных» библиотеки SAVI // Биомедицинская химия. - 2019. - Т. 65. -N 2. - С. 73-79.
Савосина П.И. и др., "Поиск новых антиретровирусных соединений в химическом пространстве «больших данных» библиотеки SAVI." Биомедицинская химия 65.2 (2019): 73-79.
Савосина, П. И., Столбов, Л. А., Дружиловский, Д. С., Филимонов, Д. А., Никлаус, М., Поройков, В. В. (2019). Поиск новых антиретровирусных соединений в химическом пространстве «больших данных» библиотеки SAVI. Биомедицинская химия, 65(2), 73-79.
Список литературы
HIV/AIDS. Data and statistics. Retrieved January, 2019, from https://www.who.int/hiv/data/en/. Scholar google search
Antiretroviral drugs used in the treatment of HIV infection. Retrieved January, 2019, from https://www.fda.gov/forpatients/illness/hivaids/treatment/ucm118915.htm. Scholar google search
Lu D.Y., Wu H.Y., Yarla N.S., Xu B., Ding J., Lu T.R. (2018) Infect. Disord. Drug Targets, 18(1), 15. CrossRef Scholar google search
Montessori V., Press N., Harris M., Akagi L., Montaner J.S. (2004) CMAJ, 170(2), 229-238. Scholar google search
PubChem. Retrieved January, 2019, from https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/. Scholar google search
Peach M.L., Nicklaus M.C. (2018) in: Applied Chemoinformatics: Achievements and Future Opportunities (Engel T., Gasteiger J., eds.) Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, p. 391. Scholar google search
SAVI. Retrieved January, 2019, from https://cactus.nci.nih.gov/download/savi_download/. Scholar google search
Pevzner Y.U., Ihlenfeldt W.D., Nicklaus M.C. (2017) Synthetically accessible virtual inventory (SAVI). Abstracts of the 253rd American Chemical Society National Meeting (San-Francisco, CA: CINF), 141. Scholar google search
Tetko I.V., Engkvist O., Koch U., Reymond J.L., Chen H. (2016) Mol. Inform., 35(11-12), 615-621. CrossRef Scholar google search
Christ F., Voet A., Marchand A., Nicolet S., Desimmie B.A., Marchand D., Bardiot D., Van der Veken N.J., Van Remoortel B., Strelkov S.V., De Maeyer M., Chaltin P., Debyser Z. (2010) Nat. Chem. Biol., 6(6), 442-448. CrossRef Scholar google search
Hu G., Li X., Zhang X., Li Y., Ma L., Yang L.M., Liu G., Li W., Huang J., Shen X., Hu L., Zheng Y.T., Tang Y. (2012) J. Med. Chem., 55(22), 10108-10117. CrossRef Scholar google search
Liu K., Lu H., Hou L., Qi Z., Teixeira C., Barbault F., Fan B.T., Liu S., Jiang S., Xie L. (2008) J. Med. Chem., 51(24), 7843-7854. CrossRef Scholar google search
He X.Y., Lu L., Qiu J., Zou P., Yu F., Jiang X.K., Li L., Jiang S., Liu S., Xie L. (2013) Bioorg. Med. Chem., 21(23), 7539-7548. CrossRef Scholar google search
