1. ООО “Димонта”, Москва, Россия; Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Москва, Россия
В работе изложены результаты, касающиеся использования суперкомпьютерной программы докинга FLM, осуществляющей поиск спектра низкоэнергетических минимумов комплекса белок-лиганд в рамках потенциалов силового поля MMFF94 без использования сетки заранее рассчитанных потенциалов взаимодействия атомов лиганда с белком. Программа FLM позволяет найти достаточно широкий спектр низкоэнергетических минимумов и применяется на первом шаге процедуры докинга с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода. На втором шаге этой процедуры энергии всех найденных минимумов пересчитываются с помощью квантово-химического полуэмпирического метода PM7 с учётом растворителя в континуальной модели COSMO. На основании выполненных расчётов определяется положение лиганда, соответствующее наиболее низкой энергии комплекса, рассчитанной с помощью метода PM7 с растворителем в модели COSMO, которое находится вблизи от закристаллизованного с белком положения. Показано, что первый шаг докинга с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода более быстро и более эффективно выполняется программой FLM без учёта влияния растворителя.
Сулимов А.В., Кутов Д.К., Ильин И.С., Сулимов В.Б. (2019) Докинг с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода. Биомедицинская химия, 65(2), 80-85.
Сулимов А.В. и др. Докинг с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода // Биомедицинская химия. - 2019. - Т. 65. -N 2. - С. 80-85.
Сулимов А.В. и др., "Докинг с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода." Биомедицинская химия 65.2 (2019): 80-85.
Сулимов, А. В., Кутов, Д. К., Ильин, И. С., Сулимов, В. Б. (2019). Докинг с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода. Биомедицинская химия, 65(2), 80-85.
Oferkin I.V., Zheltkov D.A., Tyrtyshnikov E.E., Sulimov A.V., Kutov D.C., Sulimov V.B. (2015) Bulletin of the South Ural State University, Series Mathematical Modelling, Programming & Computer Software, 8(4), 83-99. Scholar google search
Sulimov A.V., Kutov D.C., Sulimov V.B. (2019) Communications in Computer and Information Science, Springer International Publishing, Cham, 965, 314-330. Scholar google search
Sulimov A.V., Zheltkov D.A., Oferkin I.V., Kutov D.C., Katkova E.V., Tyrtyshnikov E.E., Sulimov V.B. (2017) Communications in Computer and Information Science, Springer International Publishing, Cham, 793, 151-167. Scholar google search
