Докинг с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода

   
Сулимов А.В.1 , Кутов Д.К.1, Ильин И.С.1, Сулимов В.Б.1

1. ООО “Димонта”, Москва, Россия; Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Москва, Россия
Раздел: Биоинформатика и хемоинформатика
DOI: 10.18097/PBMC20196502080      Идентификатор PubMed: 30950811
Год: 2019  том: 65  выпуск: 2  страницы: 80-85
В работе изложены результаты, касающиеся использования суперкомпьютерной программы докинга FLM, осуществляющей поиск спектра низкоэнергетических минимумов комплекса белок-лиганд в рамках потенциалов силового поля MMFF94 без использования сетки заранее рассчитанных потенциалов взаимодействия атомов лиганда с белком. Программа FLM позволяет найти достаточно широкий спектр низкоэнергетических минимумов и применяется на первом шаге процедуры докинга с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода. На втором шаге этой процедуры энергии всех найденных минимумов пересчитываются с помощью квантово-химического полуэмпирического метода PM7 с учётом растворителя в континуальной модели COSMO. На основании выполненных расчётов определяется положение лиганда, соответствующее наиболее низкой энергии комплекса, рассчитанной с помощью метода PM7 с растворителем в модели COSMO, которое находится вблизи от закристаллизованного с белком положения. Показано, что первый шаг докинга с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода более быстро и более эффективно выполняется программой FLM без учёта влияния растворителя.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: молекулярное моделирование, докинг, силовое поле, квантовая химия, разработка лекарств
Цитирование:

Сулимов, А. В., Кутов, Д. К., Ильин, И. С., Сулимов, В. Б. (2019). Докинг с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода. Биомедицинская химия, 65(2), 80-85.
Список литературы  
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)