Промиелоцитарные клетки линии HL-60 являются широко используемой моделью для изучения индуцируемой гранулоцитарной дифференцировки. Исследование белков ядерной фракции, в особенности транскрипционных факторов, необходимо для лучшего понимания молекулярных механизмов созревания клеток. Масс-спектрометрия является мощным методом для анализа протеома в силу высокой чувствительности, производительности и специфичности анализа. В работе, с использованием метода мониторинга выбранных реакций (SRM), проведена оценка уровня содержания ядерных белков RBPJ, STAT1, CEBPB, CASP3, VAV1, PRKDC, PARP1 и UBC9, выделенных с применением гипертонического буфера, детергентов (додецилсульфата натрия (SDS), дезоксихолата натрия (DOC) и расщепляемого детергента ProteaseMAX™) и с помощью центрифугирования в градиенте плотности сахарозы. Минимальное и максимальное содержание белков составило 1,13±0,28 и 14,34±1,63 фмоль/мкг общего белка для транскрипционного фактора RBPJ и убиквитин-протеинлигазы первого типа UBC9 соответственно. По результатам панорамного масс-спектрометрического анализа ядерных фракций удалось идентифицировать 2356 белков, из них 106 белков были аннотированы как транскрипционные факторы. Треть транскрипционных факторов (37 белков) были идентифицированы только во фракции, полученной с помощью центрифугирования в градиенте плотности сахарозы, в то время как лишь 9 и 8 транскрипционных факторов было идентифицировано только во фракциях ядер, полученных с использованием гипертонического буфера и детергентов, соответственно. Транскрипционные факторы, идентифицированные в клетках линии HL-60, представляют собой регуляторные молекулы, направленное профилирование которых под действием индукторов дифференцировки позволит пролить свет на механизм созревания гранулоцитов.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: ядерный протеом, мониторинг выбранных реакций (SRM), панорамная масс-спектрометрия, транскрипционные факторы, клетки линии HL-60
Цитирование:
Новикова С.Е., Вахрушев И.В., Цветкова А.В., Шушкова Н.А., Фарафонова Т.Е., Ярыгин К.Н., Згода В.Г. (2019) Протеомика транскрипционных факторов: идентификация пула регуляторных белков, специфичных для клеток линии HL-60. Биомедицинская химия, 65(4), 294-305.
Новикова С.Е. и др. Протеомика транскрипционных факторов: идентификация пула регуляторных белков, специфичных для клеток линии HL-60 // Биомедицинская химия. - 2019. - Т. 65. -N 4. - С. 294-305.
Новикова С.Е. и др., "Протеомика транскрипционных факторов: идентификация пула регуляторных белков, специфичных для клеток линии HL-60." Биомедицинская химия 65.4 (2019): 294-305.
Новикова, С. Е., Вахрушев, И. В., Цветкова, А. В., Шушкова, Н. А., Фарафонова, Т. Е., Ярыгин, К. Н., Згода, В. Г. (2019). Протеомика транскрипционных факторов: идентификация пула регуляторных белков, специфичных для клеток линии HL-60. Биомедицинская химия, 65(4), 294-305.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750819040061
Li X., Li C., Jin J., Wang J., Huang J., Ma Z., Huang X., He X., Zhou Y., Xu Y., Yu M., Huang S., Yan X., Li F., Pan J., Wang Y., Yu Y., Jin J. (2018) EBioMedicine., 38, 47-56. CrossRef Scholar google search
Spiekermann K., Biethahn S., Wilde S., Hiddemann W., Alves F. (2001) Eur. J. Haematol., 67(2), 63-71. CrossRef Scholar google search
Geletu M., Balkhi M.Y., Peer Zada A.A., Christopeit M., Pulikkan J.A., Trivedi A.K., Tenen D.G., Behre G. (2007) Blood, 110(9), 3301-3309. CrossRef Scholar google search
Li G.H., Fan Y.Z., Liu X.W., Zhang B.F., Yin D.D., He F., Huang S.Y., Kang Z.J., Xu H., Liu Q., Wu Y.L., Niu X.L., Zhang L., Liu L., Hao M.W., Han H., Liang Y.M. (2010) Mol. Cell. Biochem., 340(1-2), 7-14. CrossRef Scholar google search
Moulder R., Lönnberg T., Elo L.L., Filén J.J., Rainio E., Corthals G., Oresic M., Nyman T.A., Aittokallio T., Lahesmaa R. (2010) Mol. Cell. Proteomics, 9(9), 1937-1953. CrossRef Scholar google search
