1. Европейская лаборатория молекулярной биологии, Гамбург, Германия; Юго-западный медицинский центр, Даллас, Техас, США 2. Европейская лаборатория молекулярной биологии, Гамбург, Германия; Международная организация гражданской авиации, Монреаль, Квебек, Канада 3. Химический факультет Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова, Москва, Россия 4. Европейская лаборатория молекулярной биологии, Гейдельберг, Германия 5. Европейская лаборатория молекулярной биологии, Гамбург, Германия
Для поиска новых ингибиторов β-лактамаз, обуславливающих устойчивость бактерий к β-лактамным антибиотикам, осуществлен виртуальный скрининг, в основу которого положено изменение структурного остова лигандов. В качестве стартовых молекул были заданы структуры известных ингибиторов β-лактамаз и был выполнен поиск их структурных аналогов, имеющих похожую форму. Для этого использовали набор дескрипторов, включающий описание общих характеристик молекулы, её хиральности, моментов одномерного распределения расстояний между атомами молекулы и моментов более высокого порядка, которые применяются в методах распознавания образов, но не использовались ранее для поиска структур лигандов. Данный подход был использован для поиска аналогов четырёх описанных в литературе аллостерических ингибиторов сериновых β-лактамаз. После виртуального скрининга in silico было экспериментально исследовано влияние двух выбранных лигандов на активность рекомбинантных β-лактамаз ТЕМ типа. Это позволило обнаружить новые ингибиторы не β-лактамной природы, показавшие более высокую эффективность ингибирования β-лактамаз по сравнению со стартовыми молекулами.
Бешнова Д.А., Каролан К., Григоренко В.Г., Рубцова М.Ю., Гбекор Ю., Льюис Д., Ламзин В.С., Егоров А.М. (2019) Виртуальный скрининг с использованием изменения структурного остова лигандов для поиска новых ингибиторов β-лактамаз. Биомедицинская химия, 65(6), 468-476.
Бешнова Д.А. и др. Виртуальный скрининг с использованием изменения структурного остова лигандов для поиска новых ингибиторов β-лактамаз // Биомедицинская химия. - 2019. - Т. 65. -N 6. - С. 468-476.
Бешнова Д.А. и др., "Виртуальный скрининг с использованием изменения структурного остова лигандов для поиска новых ингибиторов β-лактамаз." Биомедицинская химия 65.6 (2019): 468-476.
Бешнова, Д. А., Каролан, К., Григоренко, В. Г., Рубцова, М. Ю., Гбекор, Ю., Льюис, Д., Ламзин, В. С., Егоров, А. М. (2019). Виртуальный скрининг с использованием изменения структурного остова лигандов для поиска новых ингибиторов β-лактамаз. Биомедицинская химия, 65(6), 468-476.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S199075082002002X
Krajnc A., Lang P.A., Panduwawala T.D., Brem J., Schofield S.J. (2019) Curr. Opin. Chem. Biol., 50, 101-110. CrossRef Scholar google search
Giddins M.J., Macesic N., Annavajhala M.K., Stump S., Khan S., McConville T.H., Mehta M., Gomez-Simmonds A., Uhlemann A.C. (2018) Antimicrob. Agents Chemother., 62, pii: e02101-17. CrossRef Scholar google search
Both A., Buttner H., Huang J., Perbandt M., Belmar Campos C., Christner M. et al. (2017) J. Antimicrob. Chemother., 72, 2483-2488. CrossRef Scholar google search
