1. ООО “ИБМХ-ЭкоБиоФарм, Москва, Россия; Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия 2. ООО “ИБМХ-ЭкоБиоФарм, Москва, Россия; Институт молекулярной биологии имени В.А. Энгельгардта, Москва, Россия 3. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия 4. Российский научный центр рентгенорадиологии, Москва, Россия 5. Институт молекулярной биологии имени В.А. Энгельгардта, Москва, Россия
Используя случайные (комбинаторные) ДНК-библиотеки с различной степенью разнообразия, показано, что их амплификация с помощью полимеразной цепной реакции в реальном времени характеризуется наличием максимума на амплификационных кривых. Установлено, что относительное падение флуоресценции после прохождения максимума прямо пропорциональна логарифму числа вариантов олигонуклеотидных последовательностей в случайной ДНК-библиотеке, если оно лежит в интервале от 1 до 104 вариантов, и практически не меняется, если число вариантов лежит в интервале от 105 до 108. Полученная зависимость была использована в ходе процедуры SELEX для оценки изменения разнообразия случайных ДНК-библиотек от раунда к раунду при селекции ДНК-аптамеров к рекомбинатному белку SMAD4. Результатом селекции был отбор олигонуклеотидов, содержащих последовательности, формирующие участок взаимодействия ДНК с SMAD4, известный как SBE (SMAD-binding element), что указывает на SMAD4-SBE взаимодействие как доминирующее в процессе селекции ДНК-аптамеров к SMAD4.
Радько С.П., Лапа С.А., Чудинов А.В., Хмелёва С.А., Маннанова М.М., Курбатов Л.К., Киселёва Я.Ю., Заседателев А.С., Лисица А.В. (2019) Оценка разнообразия комбинаторных ДНК-библиотек на основе анализа формы амплификационных кривых для мониторинга эффективности селекции аптамеров. Биомедицинская химия, 65(6), 477-484.
Радько С.П. и др. Оценка разнообразия комбинаторных ДНК-библиотек на основе анализа формы амплификационных кривых для мониторинга эффективности селекции аптамеров // Биомедицинская химия. - 2019. - Т. 65. -N 6. - С. 477-484.
Радько С.П. и др., "Оценка разнообразия комбинаторных ДНК-библиотек на основе анализа формы амплификационных кривых для мониторинга эффективности селекции аптамеров." Биомедицинская химия 65.6 (2019): 477-484.
Радько, С. П., Лапа, С. А., Чудинов, А. В., Хмелёва, С. А., Маннанова, М. М., Курбатов, Л. К., Киселёва, Я. Ю., Заседателев, А. С., Лисица, А. В. (2019). Оценка разнообразия комбинаторных ДНК-библиотек на основе анализа формы амплификационных кривых для мониторинга эффективности селекции аптамеров. Биомедицинская химия, 65(6), 477-484.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750820020109
Mencin N., Smuc T., Vranicar M., Mavri J., Hren M., Galesa K., Krkoc P., Ulrich H., Solar B. (2014) J. Pharm. Biomed. Anal., 91, 151-159. CrossRef Scholar google search
Vanbrabant J., Leirs K., Vanschoenbeek K., Lammertyn J., Michiels L. (2014) Analyst, 139, 589-595. CrossRef Scholar google search
