Предсказание ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов с использованием обобщенной модели, построенной c учётом данных о положении известных лигандов
Микурова А.В.1 , Рыбина А.В.1, Скворцов В.С.1
1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Представлены несколько вариантов моделей предсказания значений IC50 ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа как для отдельных штаммов, так и для комбинаций данных для нейраминидаз нескольких штаммов. Они основаны на использовании расчётных энергетических вкладов в величину изменения свободной энергии комплексов фермент-ингибитор. В отличие от более ранних работ при моделировании комплекса была добавлена процедура сравнения варианта докирования с одним из ингибиторов нейраминидазы, для которых структура комплексов определена экспериментально. Выбор молекул для сравнения выполнен по подобию структур с использованием метрики Танимото, и RMSD между подобными парами атомов не должен бы быть больше 2 Å. При использовании данного ограничения, а также фильтрации серий данных для конкретного штамма по результатам процедуры скользящего контроля методом выкидывания по одному можно построить уравнения предсказания величины IC50 со значением Q2, близким к минимальному порогу достоверности (0,57 в данной работе). Учитывая, что в нашем варианте моделей используется минимальный набор энергетических вкладов, не предусматривающий дорогостоящих расчётов энтропийных вкладов, полученный результат свидетельствует в пользу корректности использования обобщенной модели, построенной по данным о положении известных лигандов, для предсказания ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов.
Микурова А.В., Рыбина А.В., Скворцов В.С. (2020) Предсказание ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов с использованием обобщенной модели, построенной c учётом данных о положении известных лигандов. Биомедицинская химия, 66(6), 508-513.
Микурова А.В. и др. Предсказание ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов с использованием обобщенной модели, построенной c учётом данных о положении известных лигандов // Биомедицинская химия. - 2020. - Т. 66. -N 6. - С. 508-513.
Микурова А.В. и др., "Предсказание ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов с использованием обобщенной модели, построенной c учётом данных о положении известных лигандов." Биомедицинская химия 66.6 (2020): 508-513.
Микурова, А. В., Рыбина, А. В., Скворцов, В. С. (2020). Предсказание ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов с использованием обобщенной модели, построенной c учётом данных о положении известных лигандов. Биомедицинская химия, 66(6), 508-513.
Переводная версия в журнале «Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»:10.1134/S1990750821020086
Бреслав H.В., Шевченко Е.С., Абрамов Д.Д., Прилипов А.Г., Журавлева М.М., Оскерко Т.А., Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Щелканов М.Ю., Бурцева Е.И., Львов Д.К. (2013) Вопросы вирусологии, 58(1), 28-32. Scholar google search
Kollman P.A., Massova I., Reyes C., Kuhn B., Huo S., Chong L., Lee M., Lee T., Duan Y., Wang W., Donini O., Cieplak P., Srinivasan J., Case D.A., Cheatham T.E., 3rd (2000) Acc. Chem. Res, 33, 889-897. CrossRef Scholar google search
Federal Research Center Computer Science and Control of Russian Academy of Sciences. Electronic resource: site. — Moscow: FRC CS RAS.- URL: http://hhpcc.frccsc.ru (application date: 09/11/2020). Scholar google search
