Предсказание ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов с использованием обобщенной модели, построенной c учётом данных о положении известных лигандов

   
Микурова А.В.1 , Рыбина А.В.1, Скворцов В.С.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Раздел: Краткое сообщение
DOI: 10.18097/PBMC20206606508      Идентификатор PubMed: 33372910
Год: 2020  том: 66  выпуск: 6  страницы: 508-513
Представлены несколько вариантов моделей предсказания значений IC50 ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа как для отдельных штаммов, так и для комбинаций данных для нейраминидаз нескольких штаммов. Они основаны на использовании расчётных энергетических вкладов в величину изменения свободной энергии комплексов фермент-ингибитор. В отличие от более ранних работ при моделировании комплекса была добавлена процедура сравнения варианта докирования с одним из ингибиторов нейраминидазы, для которых структура комплексов определена экспериментально. Выбор молекул для сравнения выполнен по подобию структур с использованием метрики Танимото, и RMSD между подобными парами атомов не должен бы быть больше 2 Å. При использовании данного ограничения, а также фильтрации серий данных для конкретного штамма по результатам процедуры скользящего контроля методом выкидывания по одному можно построить уравнения предсказания величины IC50 со значением Q2, близким к минимальному порогу достоверности (0,57 в данной работе). Учитывая, что в нашем варианте моделей используется минимальный набор энергетических вкладов, не предусматривающий дорогостоящих расчётов энтропийных вкладов, полученный результат свидетельствует в пользу корректности использования обобщенной модели, построенной по данным о положении известных лигандов, для предсказания ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов.
Загрузить PDF:
Ключевые слова: нейраминидаза вируса гриппа, ингибиторы, вычислительные методы, QSAR
Цитирование:

Микурова, А. В., Рыбина, А. В., Скворцов, В. С. (2020). Предсказание ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов с использованием обобщенной модели, построенной c учётом данных о положении известных лигандов. Биомедицинская химия, 66(6), 508-513.
Список литературы  
 2020 (том 66)
 2019 (том 65)
 2018 (том 64)
 2017 (том 63)
 2016 (том 62)
 2015 (том 61)
 2014 (том 60)
 2013 (том 59)
 2012 (том 58)
 2011 (том 57)
 2010 (том 56)
 2009 (том 55)
 2008 (том 54)
 2007 (том 53)
 2006 (том 52)
 2005 (том 51)
 2004 (том 50)
 2003 (том 49)