1. Первый московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет), Москва, Россия; Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Россия 2. Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Россия 3. Финансовый университет при Правительстве РФ, Москва, Россия 4. Первый московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет), Москва, Россия 5. Первый московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет), Москва, Россия; Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Москва, Россия
Накопление генетических данных в области изучения болезни Паркинсона в настоящее время сильно прогрессирует от определения факторов риска до уверенного прогнозирования возникновения заболевания. Для поиска новых мишеней терапии необходима реконструкция генной сети заболевания, кластеризация генов в сети, выявление ключевых генов, обладающих наибольшим числом контактов в сети. С помощью онлайн-инструментов биоинформатики OMIM, PANTHER, g:Profiler, GeneMANIA и STRING-DB мы проанализировали актуальный на данный момент массив данных, связанных с болезнью Паркинсона, рассчитали категории генных онтологий для большого списка генов, визуализировали их и построили генные сети, содержащие выявленные ключевые объекты и их взаимосвязи. Биологическая интерпретация полученных результатов всё еще остается сложной задачей. Анализ генов, связанных с болезнью Паркинсона, определение их положения в генной сети (связанности) позволяет оценить их перспективность в качестве генов-мишеней для лекарственных воздействий.
Орлов Ю.Л., Галиева А.Г., Орлова Н.Г., Иванова Е.Н., Мозылева Ю.А., Анашкина А.А. (2021) Реконструкция генной сети болезни Паркинсона для поиска генов-мишеней. Биомедицинская химия, 67(3), 222-230.
Орлов Ю.Л. и др. Реконструкция генной сети болезни Паркинсона для поиска генов-мишеней // Биомедицинская химия. - 2021. - Т. 67. -N 3. - С. 222-230.
Орлов Ю.Л. и др., "Реконструкция генной сети болезни Паркинсона для поиска генов-мишеней." Биомедицинская химия 67.3 (2021): 222-230.
Орлов, Ю. Л., Галиева, А. Г., Орлова, Н. Г., Иванова, Е. Н., Мозылева, Ю. А., Анашкина, А. А. (2021). Реконструкция генной сети болезни Паркинсона для поиска генов-мишеней. Биомедицинская химия, 67(3), 222-230.
Warde-Farley D., Donaldson S.L., Comes O., Zuberi K., Badrawi R., Chao P., Franz M., Grouios C., Kazi F., Lopes C.T., Maitland A., Mostafavi S., Montojo J., Shao Q., Wright G., Bader G.D., Morris Q. (2010) Nucleic Acids Res., 38(Web Server issue), W214-W220. CrossRef Scholar google search
Hale C.M., Cheng Q., Ortuno D., Huang M., Nojima D., Kassner P.D., Wang S., Ollmann M.M., Carlisle H.J. (2016) Autophagy, 12(4), 713-726. CrossRef Scholar google search
Nalls M.A., Pankratz N., Lill C.M., Do C.B., Hernandez D.G., Saad M., de Stefano A.L., Kara E., Bras J., Sharma M. et al. (2014) Nat. Genet., 46(9), 989-993. CrossRef Scholar google search
Chang D., Nalls M.A., Hallgrímsdóttir I.B., Hunkapiller J., van der Brug M., Cai F., International Parkinson's Disease Genomics Consortium; 23andMe Research Team; Kerchner G.A., Ayalon G., Bingol B., Sheng M., Hinds D., Behrens T.W., Singleton A.B., Bhangale T.R., Graham R.R. (2017) Nat. Genet., 49(10), 1511-1516. CrossRef Scholar google search
Harel A., Inger A., Stelzer G., Strichman-Almashanu L., Dalah I., Safran M., Lancet D. (2009) BMC Bioinformatics, 10, 348. CrossRef Scholar google search
Zimprich A., Biskup S., Leitner P., Lichtner P., Farrer M., Lincoln S., Kachergus J., Hulihan M., Uitti R.J., Calne D.B., Stoessl A.J., Pfeiffer R.F., Patenge N., Carbajal I.C., Vieregge P., Asmus F., Müller-Myhsok B., Dickson D.W., Meitinger T., Strom T.M., Wszolek Z.K., Gasser T. (2004) Neuron, 44(4), 601-607. CrossRef Scholar google search
Skipper L., Wilkes K., Toft M., Baker M., Lincoln S., Hulihan M., Ross O.A., Hutton M., Aasly J., Farrer M. (2004) Am. J. Hum. Genet., 75(4), 669-677. CrossRef Scholar google search
Niethammer M., Tang C.C., Vo A., Nguyen N., Spetsieris P., Dhawan V., Ma Y., Small M., Feigin A., During M.J., Kaplitt M.G., Eidelberg D. (2018) Sci. Transl. Med., 10(469), eaau0713. CrossRef Scholar google search
Biernacka J.M., Chung S.J., Armasu S.M., Anderson K.S., Lill C.M., Bertram L., Ahlskog J.E., Brighina L., Frigerio R., Maraganore D.M. (2016). Parkinsonism Relat. Disord., 32, 25-30. CrossRef Scholar google search
Rappaport N., Twik M., Plaschkes I., Nudel R., Iny Stein T., Levitt J., Gershoni M., Morrey C.P., Safran M., Lancet D. (2017) Nucleic Acids Res., 45(D1), D877-D887. CrossRef Scholar google search
