Исследованы белок-белковые взаимодействия в системах TCR-pMHC на основе последовательностей, полученных в рамках глубокого секвенирования T-лимфоцитов, окрашенных ДНК-мечеными тетрамерными комплексами неоантиген-MHC. Полноатомные модели вариабельных доменов иммунорецепторов неоантиген-реактивных T-лимфоцитов в комплексе с пептидами, представленными молекулами MHC, были построены в рамках метода моделирования по гомологии. На основе полученной выборки были обучены классификаторы, с умеренной точностью способные различать аффинности тройных комплексов TCR-pMHC, что позволило проанализировать основные структурные детерминанты иммунного распознавания “чужого”. Мы предлагаем использовать in silico определение неоантигенной специфичности опухоль-инфильтрирующих T-лимфоцитов для создания эффективных противораковых вакцин.
Книга А.Е., Поляков И.В., Немухин А.В. (2021) In silico определение специфичности неоантиген-реактивных T-лимфоцитов. Биомедицинская химия, 67(3), 251-258.
Книга А.Е. и др. In silico определение специфичности неоантиген-реактивных T-лимфоцитов // Биомедицинская химия. - 2021. - Т. 67. -N 3. - С. 251-258.
Книга А.Е. и др., "In silico определение специфичности неоантиген-реактивных T-лимфоцитов." Биомедицинская химия 67.3 (2021): 251-258.
Книга, А. Е., Поляков, И. В., Немухин, А. В. (2021). In silico определение специфичности неоантиген-реактивных T-лимфоцитов. Биомедицинская химия, 67(3), 251-258.
Lever M., Maini P.K., van der Merwe P.A., Dushek O. (2014) Nat. Rev. Immunol., 14(9), 619-629. CrossRef Scholar google search
Vita R., Overton J.A., Greenbaum J.A., Ponomarenko J., Clark J.D., Cantrell J.R., Wheeler D.K., Gabbard J.L., Hix D., Sette A. et al. (2015) Nucleic Acids Res., 43(D1), D405-D412. CrossRef Scholar google search
Borrman T., Cimons J., Cosiano M., Purcaro M., Pierce B.G., Baker B.M., Weng Z. (2017) Proteins Struct. Funct. Bioinforma., 85(5), 908-916. CrossRef Scholar google search
Zhang S.Q., Ma K.Y., Schonnesen A.A., Zhang M., He C., Sun E., Williams C.M., Jia W., Jiang N. (2018) Nat. Biotechnol., 36(12), 1156-1159. CrossRef Scholar google search
Bender B.J., Cisneros A., Duran A.M., Finn J.A., Fu D., Lokits A.D., Mueller B.K., Sangha A.K., Sauer M.F., Sevy A.M. et al. (2016) Biochemistry, 55(34), 4748-4763. CrossRef Scholar google search
Khatib F., Cooper S., Tyka M.D., Xu K., Makedon I., Popović Z., Baker D., Players F. (2011) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108(47), 18949-18953. CrossRef Scholar google search
Leaver-Fay A., Tyka M., Lewis S.M., Lange O.F., Thompson J., Jacak R., Kaufman K., Renfrew P.D., Smith C.A., Sheffler W. et al. (2011) Methods Enzymol., 487(C), 545-574. CrossRef Scholar google search
Alford R.F., Leaver-Fay A., Jeliazkov J.R., O’Meara M.J., di Maio F.P., Park H., Shapovalov M.V., Renfrew P.D., Mulligan V.K., Kappel K. et al. (2017) J. Chem. Theory Comput., 13(6), 3031-3048. CrossRef Scholar google search
Schneidman-Duhovny D., Inbar Y., Nussinov R., Wolfson H.J. (2005) Nucleic Acids Res., 33(SUPPL. 2), W363. CrossRef Scholar google search
