ПЦР-анализ экспрессии генов хромосомы 18 в ткани печени человека: межиндивидуальная вариабельность

Тимошенко О.С.; Хмелёва С.А.; Поверенная Е.В.; Киселёва Я.Ю.; Курбатов Л.К.; Радько С.П.; Буромский И.В.; Маркин С.С.; Лисица А.В.; Арчаков А.И.; Пономаренко Е.А.

doi:10.18097/PBMC20216705418

ПЦР-анализ экспрессии генов хромосомы 18 в ткани печени человека: межиндивидуальная вариабельность

Тимошенко О.С.¹, Хмелёва С.А.¹, Поверенная Е.В.¹, Киселёва Я.Ю.², Курбатов Л.К.¹, Радько С.П.¹, Буромский И.В.³, Маркин С.С.¹, Лисица А.В.¹, Арчаков А.И.¹, Пономаренко Е.А.¹

1. Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
2. Российский научный центр рентгенорадиологии, Москва, Россия
3. Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова, Москва, Россия

Раздел: Клинико-диагностические исследования

DOI: 10.18097/PBMC20216705418 Идентификатор PubMed: 34730555

Год: 2021 том: 67 выпуск: 5 страницы: 418-426

На примере хромосомы 18 человека проведён ПЦР-анализ межиндивидуальной вариабельности экспрессии 244 генов в ткани печени. В целом количественные профили транскриптома хромосомы 18, выраженные в количестве копий кДНК на единичную клетку, показывают высокую степень корреляции (rp=0,963-0,966). Однако при попарном сравнении доноров экспрессия существенного количества генов (от 13% до 19% в зависимости от способа нормировки экспериментальных данных) различается более чем 4-кратно. При этом доля дифференциально экспрессированных генов возрастает с понижением уровня их экспрессии. Более высокая количественная вариабельность низкопредставленных транскриптов имеет в основном не техническую, а биологическую причину. Биоинформатический анализ межиндивидуальной вариабельности дифференциальной экспрессии генов хромосомы 18 в ткани печени человека не выявил каких-либо статистически значимых групп генов, относящихся к определённым биологическим процессам. Это, по-видимому, указывает на временную природу межиндивидуальной вариабельности их экспрессии, вероятно, отражающую реакцию клеток данного индивидуума на конкретные внешние стимулы.

Загрузить PDF:

Ключевые слова: транскриптом, количественная ПЦР, хромосома 18, ткань печени человека

Дополнительные материалы:

Цитирование:

Тимошенко, О. С., Хмелёва, С. А., Поверенная, Е. В., Киселёва, Я. Ю., Курбатов, Л. К., Радько, С. П., Буромский, И. В., Маркин, С. С., Лисица, А. В., Арчаков, А. И., Пономаренко, Е. А. (2021). ПЦР-анализ экспрессии генов хромосомы 18 в ткани печени человека: межиндивидуальная вариабельность. Биомедицинская химия, 67(5), 418-426.

Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»: 10.1134/S1990750822010097

Список литературы

Adamski M.G., Gumann P., Baird A.E. (2014) PLoS One, 9, e103917. CrossRef Scholar google search
Gadkar V., Filion M. (2014) Curr. Issues Mol. Biol., 16, 1-6. Scholar google search
Киселёва Я.Ю., Птицын К.Г., Тихонова О.В., Радько С.П., Курбатов Л.К., Вахрушев И.В., Згода В.Г., Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Арчаков А.И. (2017) Биомедицинская химия, 63(2), 147-153. CrossRef Scholar google search
Киселёва Я.Ю., Птицын К.Г., Радько С.П., Згода В.Г., Арчаков А.И. (2016) Биомедицинская химия, 62(4), 403-410. CrossRef Scholar google search
Poverennaya E.V., Ilgisonis E.V., Ponomarenko E.A., Kopylov A.T., Zgoda V.G., Radko S.P., Lisitsa A.V., Archakov A.I. (2017) J. Proteome Res., 16(12), 4311-4318. CrossRef Scholar google search
Radko S.P., Poverennaya E.V., Kurbatov L.K., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. (2019) J. Proteome Res., 18(12), 4273-4276. CrossRef Scholar google search
Zgoda V.G., Kopylov A.T., Tikhonova J.V., Moisa A.A., Pyndyk N.V., Farafonova T.E., Novikova S.E., Lisitsa A.V., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V., Radko S.P., Khmeleva S.A., Kurbatov L.K., Filimonov A.D., Bogolyubova N.A., Ilgisonis E.V., Chernobrovkin A.L., Ivanov A.S., Medvedev A.E., Mezentsev Y.V., Moshkovskii S.A., Naryzhny S.N., Ilina E.N., Kostrjukova E.S., Alexeev D.G., Tyakht A.V., Govorun V.M., Archakov A.I. (2013) J. Proteome Res., 12(1), 123-134. CrossRef Scholar google search
Ponomarenko E.A., Kopylov A.T., Lisitsa A.V., Radko S.P., Kiseleva Y.Y., Kurbatov L.K., Ptitsyn K.G., Tikhonova O.V., Moisa A.A., Novikova S.E., Poverennaya E.V., Ilgisonis E.V., Filimonov A.D., Bogolubova N.A., Averchuk V.V., Karalkin P.A., Vakhrushev I.V., Yarygin K.N., Moshkovskii S.A., Zgoda V.G., Sokolov A.S., Mazur A.M., Prokhortchouck E.B., Skryabin K.G., Ilina E.N., Kostrjukova E.S., Alexeev D.G., Tyakht A.V., Gorbachev A.Y., Govorun V.M., Archakov A.I. (2014) J. Proteome Res., 13(1), 183-190. CrossRef Scholar google search
Poverennaya E.V., Kopylov A.T., Ponomarenko E.A., Ilgisonis E.V., Zgoda V.G., Tikhonova O.V., Novikova S.E., Farafonova T.E., Kiseleva Y.Y., Radko S.P., Vakhrushev I.V., Yarygin K.N., Moshkovskii S.A., Kiseleva O.I., Lisitsa A.V., Sokolov A.S., Mazur A.M., Prokhortchouck E.B., Skryabin K.G., Kostrjukova E.S., Tyakht A.V., Gorbachev A.Y., Govorun V.M., Ilina E.N., Archakov A.I. (2016) J. Proteome Res., 15(11), 4030-4038. CrossRef Scholar google search
Legrain P., Aebersold R., Archakov A., Bairoch A., Bala K., Beretta L., Bergeron J., Borchers C.H., Corthals G.L., Costello C.E., Deutsch E.W., Domon B., Hancock W., He F., Hochstrasser D., Marko-Varga G., Salekdeh G.H., Sechi S., Snyder M., Srivastava S., Uhlén M., Wu C.H., Yamamoto T., Paik Y.K., Omenn G.S. (2011) Mol. Cell. Proteomics, 10(7), M111.009993. CrossRef Scholar google search
Пономаренко Е.А., Згода В.Г., Копылов А.Т., Поверенная Е.В., Ильгисонис Е.В., Лисица А.В., Арчаков А.И. (2015) Биомедицинская химия, 61(2), 169-175. CrossRef Scholar google search
Ilgisonis E., Vavilov N., Ponomarenko E., Lisitsa A., Poverennaya E., Zgoda V., Radko S., Archakov A. (2021) Front. Genet., 12, 674534. CrossRef Scholar google search
Donato M.T., Lahoz A., Castell J.V., Gomez-Lechon M.J. (2008) Curr. Drug. Metab., 9(1), 1-11. CrossRef Scholar google search
Deinichenko K., Krasnov G., Radko S., Ptitsyn K., Shapovalova V., Timoshenko O., Khmeleva S., Kurbatov L., Kiseleva Y., Ilgisonis E., Pyatnitskiy M., Poverennaya E., Kiseleva O., Vakhrushev I., Tsvetkova A., Buromski I., Markin S., Zgoda V., Archakov A., Lisitsa A., Ponomarenko E. (2021) Biomedical Chemistry: Research and Methods, 4(1), e00144. CrossRef Scholar google search
Krasnov G., Shkrigunov T., Radko S., Ptitsyn K., Shapovalova V., Timoshenko O., Khmeleva S., Kurbatov L., Kiseleva Y., Ilgisonis E., Kiseleva O., Vakhrushev I., Tsvetkova A., Buromski I., Markin S., Archakov A., Lisitsa A., Ponomarenko E. (2021) Data Brief., 36, 107130. CrossRef Scholar google search
Riedel G., Rüdrich U., Fekete-Drimusz N., Manns M.P., Vondran F.W., Bock M. (2014) PLoS One, 9, e93031. CrossRef Scholar google search
Eden E., Navon R., Steinfeld I., Lipson D., Yakhini Z.. (2009) BMC Bioinformatics, 10, 48. CrossRef Scholar google search
Reimand J., Arak T., Adler P., Kolberg L., Reisberg S., Peterson H., Vilo J. (2016) Nucleic Acids Res., 44(W1), W83-W89. CrossRef Scholar google search
Szklarczyk D., Gable A.L., Lyon D., Junge A., Wyder S., Huerta-Cepas J., Simonovic M., Doncheva N.T., Morris J.H., Bork P., Jensen L.J., Mering C.V. (2019) Nucleic Acids Res., 47(D1), D607-D613. CrossRef Scholar google search
Wu J., Xiao J., Zhang Z., Wang X., Hu S., Yu J. (2014) Genomics Proteomics Bioinformatics. 12(2), 57-63. CrossRef Scholar google search
Tyakht A.V., Ilina E.N., Alexeev D.G., Ischenko D.S., Gorbachev A.Y., Semashko T.A., Larin A.K., Selezneva O.V., Kostryukova E.S., Karalkin P.A., Vakhrushev I.V., Kurbatov L.K., Archakov A.I., Govorun V.M. (2014) BMC Genomics, 15, 1108. CrossRef Scholar google search
Payen V.L., Lavergne A., Sarika N.A., Colonval M., Karim L., Deckers M., Najimi M., Coppieters W., Charloteaux B., Sokal E.M., Taghdouini A.E. (2021) JHEP Reports, 3(3), 100278. CrossRef Scholar google search
Zhao B., Erwin A., Xue B. (2018) Genomics, 110(1), 67-73. CrossRef Scholar google search
Dituri F., Mazzocca A., Fernando J., Papappicco P., Fabregat I., de Santis F., Paradiso A., Sabba C., Giannelli G. (2013) PLoS One, 8, e67109. CrossRef Scholar google search

2024 (том 70)
2023 (том 69)
2022 (том 68)
2021 (том 67)

Выпуск 6
Выпуск 5
Выпуск 4
Выпуск 3
Выпуск 2
Выпуск 1

2020 (том 66)
2019 (том 65)
2018 (том 64)
2017 (том 63)
2016 (том 62)
2015 (том 61)
2014 (том 60)
2013 (том 59)
2012 (том 58)
2011 (том 57)
2010 (том 56)
2009 (том 55)
2008 (том 54)
2007 (том 53)
2006 (том 52)
2005 (том 51)
2004 (том 50)
2003 (том 49)

◄ ►