Проанализированы доступные в базе данных ProteomeXchange (accession code PXD016538) экспериментальные результаты (Simats et al. (2020) Molecular & Cellular Proteomics, 19(12), 1921-1936), полученные при использовании комплексного мультиомного подхода по выявлению потенциальных биомаркеров ишемического инсульта в крови мышей. В качестве посттрансляционных модификаций рассмотрены ацетилирование, метилирование и убиквитинирование. Анализ достоверности изменения уровня модификации белков оценивали для ишемической ткани в сравнении с неповреждённой инсультом тканью и контролем, взятым у мышей после мнимой операции (sham operation). При уровне статистически значимых различий по критерию Манна-Уитни (p < 0,05) найдено 2 белка (Q02248 и Q8BL66); для еще 7 белков различия находятся на уровне статистической тенденции (p < 0,1). Для 7 из найденных 9 белков в литературе есть данные о связи с ишемией мозга.
Скворцов В.С., Иванова Я.О., Воронина А.И. (2022) Ацетилирование, метилирование и убиквитинирование белков при экспериментальном ишемическом инсульте у мышей: биоинформатический анализ. Биомедицинская химия, 68(5), 390-397.
Скворцов В.С. и др. Ацетилирование, метилирование и убиквитинирование белков при экспериментальном ишемическом инсульте у мышей: биоинформатический анализ // Биомедицинская химия. - 2022. - Т. 68. -N 5. - С. 390-397.
Скворцов В.С. и др., "Ацетилирование, метилирование и убиквитинирование белков при экспериментальном ишемическом инсульте у мышей: биоинформатический анализ." Биомедицинская химия 68.5 (2022): 390-397.
Скворцов, В. С., Иванова, Я. О., Воронина, А. И. (2022). Ацетилирование, метилирование и убиквитинирование белков при экспериментальном ишемическом инсульте у мышей: биоинформатический анализ. Биомедицинская химия, 68(5), 390-397.
Список литературы
Скворцов, В.С., Иванова, Я.О., Воронина, А.И. (2021) Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем посттрансляционных модификаций при экспериментальном ишемическом инсульте у мышей. Биомедицинская химия, 67(6), 475-484. CrossRef Scholar google search
Кисриева Ю.С., Петушкова Н.А., Саменкова Н.Ф., Кузнецова Г.П., Ларина О.В., Теряева Н.Б., Усачев Д.Ю., Згода В.Г., Карузина И.И. (2019) Сравнительный анализ модификаций протеома плазмы крови больных церебральной ишемией на основе метода ВЭЖХ-МС/МС. Биомедицинская химия, 65(3), 251-258. CrossRef Scholar google search
Simats A., Ramiro L., García-Berrocoso T., Briansó F., Gonzalo R., Martín L., Sabé A., Gill N., Penalba A., Colomé N., Sánchez A., Canals F., Bustamante A., Rosell A., Montaner J. (2020) A Mouse Brain-based Multi-omics Integrative Approach Reveals Potential Blood Biomarkers for Ischemic Stroke. Molecular and Cellular Proteomics, 19(12), 1921-1936. CrossRef Scholar google search
Ma B., Zhang K., Hendrie C., Liang C., Li M., Doherty-Kirby A., Lajoie G. (2003) PEAKS: powerful software for peptide de novo sequencing by tandem mass spectrometry. Rapid Communications in Mass Spectrometry, 17(20), 2337–2342. CrossRef Scholar google search
The UniProt Consortium (2020) UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021. Nucleic Acids Research, 49(D1), D480–D489. CrossRef Scholar google search
Mo Z., Zeng Z., Liu Y., Zeng L., Fang J., Ma Y. (2022) Activation of Wnt/Beta-Catenin Signaling Pathway as a Promising Therapeutic Candidate for Cerebral Ischemia/Reperfusion Injury. Frontiers in Pharmacology, 13, 914537. CrossRef Scholar google search
Song S., Huang H., Guan X., Fiesler V., Bhuiyan M., Liu R., Jalali S., Hasan M.N., Tai A.K., Chattopadhyay A., Chaparala S., Sun M., Stolz D.B., He P., Agalliu D., Sun D., Begum G. (2021) Activation of endothelial Wnt/β-catenin signaling by protective astrocytes repairs BBB damage in ischemic stroke. Progress in neurobiology, 199, 101963. CrossRef Scholar google search
Yuan D., Hu K., Loke C.M., Teramoto H., Liu C., Hu B. (2021) Interruption of endolysosomal trafficking leads to stroke brain injury. Experimental Neurology, 345, 113827. CrossRef Scholar google search
Singh V., Mishra V.N., Chaurasia R.N., Joshi D., Pandey V. (2019) Modes of calcium regulation in ischemic neuron. Indian Journal of Clinical Biochemistry, 34(3), 246-253. CrossRef Scholar google search
Uphaus T., Bittner S., Gröschel S., Steffen F., Muthuraman M., Wasser K., Weber-Krüger M., Zipp F., Wachter R., Gröschel K. (2019) NfL (neurofilament light chain) levels as a predictive marker for long-term outcome after ischemic stroke. Stroke, 50(11), 3077-3084. CrossRef Scholar google search
Kitagawa, K., Matsumoto, M., Sobue, K., Tagaya, M., Okabe, T., Niinobe, M., Ohtsuki T., Handa N., Kimura K., Mikoshiba K., Kamada T. (1992) The synapsin I brain distribution in ischemia. Neuroscience, 46(2), 287-299. CrossRef Scholar google search
Kim J.Y., Kim J.W., Yenari M.A. (2020) Heat shock protein signaling in brain ischemia and injury. Neuroscience letters, 715, 134642. CrossRef Scholar google search
Zhang X., Connelly J., Levitan E.S., Sun D., Wang J.Q. (2021) Calcium/Calmodulin–Dependent Protein Kinase II in Cerebrovascular Diseases. Translational Stroke Research, 12(4), 513-529. CrossRef Scholar google search
