Белки плазматической мембраны с доменами, экспонированными в сторону внеклеточного пространства, отвечают за преобразование внеклеточных сигналов во внутриклеточные ответы, а их доступность для терапевтических молекул делает их привлекательными мишенями для разработки лекарств. В данной работе с применением омиксных технологий и методов иммунохимии мы исследовали изменение содержания маркеров-кластеров дифференцировки (CD-маркеров) нейтрофилов (CD33, CD97, CD54, CD38, CD18, CD11b, CD44 и CD71) на уровне транскриптов и белков в клетках линий NB4, HL-60 и К562 под действием полностью-транс-ретиноевой кислоты (ATRA). Транскриптомный анализ выявил индукцию маркеров CD38, CD54, CD11b и CD18 уже через 3 ч после добавления индуктора кATRA-восприимчивым клеточным линиям HL-60 и NB4. Через 24 ч во всех клеточных линиях можно было наблюдать линия-специфичный паттерн экспрессии CD-маркеров. Исследования изменений содержания CD-антигенов методами проточной цитофлуориметрии и таргетной МС показали однонаправленные результаты. Протеомный профиль поверхностных маркеров (CD38, CD54, CD11b и CD18), характерный для линий NB4 и HL-60, отражает различные молекулярные пути реализации ATRA-индуцированной дифференцировки лейкозных клеток в зрелые нейтрофилы.
Новикова С.Е., Толстова Т.В., Соловьева Н.А., Фарафонова Т.Е., Тихонова О.В., Курбатов Л.К., Русанов А.Л., Згода В.Г. (2023) Системный анализ поверхностных CD-маркеров в процессе гранулоцитарной дифференцировки. Биомедицинская химия, 69(6), 383-393.
Новикова С.Е. и др. Системный анализ поверхностных CD-маркеров в процессе гранулоцитарной дифференцировки // Биомедицинская химия. - 2023. - Т. 69. -N 6. - С. 383-393.
Новикова С.Е. и др., "Системный анализ поверхностных CD-маркеров в процессе гранулоцитарной дифференцировки." Биомедицинская химия 69.6 (2023): 383-393.
Новикова, С. Е., Толстова, Т. В., Соловьева, Н. А., Фарафонова, Т. Е., Тихонова, О. В., Курбатов, Л. К., Русанов, А. Л., Згода, В. Г. (2023). Системный анализ поверхностных CD-маркеров в процессе гранулоцитарной дифференцировки. Биомедицинская химия, 69(6), 383-393.
Список литературы
Ray S., Kassan A., Busija A.R., Rangamani P., Patel H.H. (2016) The plasma membrane as a capacitor for energy and metabolism. Am. J. Physiol. Cell Physiol., 310(3), C181-C192. CrossRef Scholar google search
Leth-Larsen R., Lund R.R., Ditzel H.J. (2010) Plasma membrane proteomics and its application in clinical cancer biomarker discovery. Mol. Cell. Proteomics, 9(7), 1369-1382. CrossRef Scholar google search
Kroeze W.K., Sheffler D.J., Roth B.L. (2003) G-protein-coupled receptors at a glance. J. Cell Sci., 116(24), 4867-4869. CrossRef Scholar google search
Heldin C.-H., Lu B., Evans R., Gutkind J.S. (2016) Signals and receptors. Cold Spring Harb. Perspect. Biol., 8(4), a005900. CrossRef Scholar google search
Le T.T., Blackwood N.O., Taroni J.N., Fu W., Breitenstein M.K. (2018) Integrated machine learning pipeline for aberrant biomarker enrichment (i-mAB): Characterizing clusters of differentiation within a compendium of systemic lupus erythematosus patients. AMIA Annu. Symp. Proc., 2018, 1358-1367. CrossRef Scholar google search
Dempsey M.E., Woodford-Berry O., Darling E.M. (2021) Quantification of antibody persistence for cell surface protein labeling. Cell. Mol. Bioeng., 14(3), 267-277. CrossRef Scholar google search
Chames P., van Regenmortel M., Weiss E., Baty D. (2009) Therapeutic antibodies: Successes, limitations and hopes for the future. Br. J. Pharmacol., 157(2), 220-233. CrossRef Scholar google search
Kopylov A.T., Ponomarenko E.A., Ilgisonis E.V., Pyatnitskiy M.A., Lisitsa A.V., Poverennaya E.V., Kiseleva O.I., Farafonova T.E., Tikhonova O.V., Zavialova M.G., Novikova S.E., Moshkovskii S.A., Radko S.P., Morukov B.V., Grigoriev A.I., Paik Y.-K., Salekdeh G.H., Urbani A., Zgoda V.G., Archakov A.I. (2019) 200+ protein concentrations in healthy human blood plasma: Targeted quantitative SRM SIS screening of chromosomes 18, 13, Y, and the mitochondrial chromosome encoded proteome. J. Proteome Res., 18(1), 120-129. CrossRef Scholar google search
Birnie G.D. (1988) The HL60 cell line: A model system for studying human myeloid cell differentiation. Br. J. Cancer, 58(SUPPL. 9), 41-45. Scholar google search
Новикова С.Е., Вахрушев И.В., Цветкова А.В., Шушкова Н.А., Фарафонова Т.Е., Ярыгин К.Н., Згода В.Г. (2019) Протеомика транскрипционных факторов: идентификация пула регуляторных белков, специфичных для клеток линии HL-60. Биомедицинская химия, 65(4), 294-305. CrossRef Scholar google search
Walter R.B., Appelbaum F.R., Estey E.H., Bernstein I.D. (2012) Acute myeloid leukemia stem cells and CD33-targeted immunotherapy. Blood, 119(26), 6198-6208. CrossRef Scholar google search
Martin G.H., Roy N., Chakraborty S., Desrichard A., Chung S.S., Woolthuis C.M., Hu W., Berezniuk I., Garrett-Bakelman F.E., Hamann J., Devlin S.M., Chan T.A., Park C.Y. (2019) CD97 is a critical regulator of acute myeloid leukemia stem cell function. J. Exp. Med., 216(10), 2362-2377. CrossRef Scholar google search
Sanchez P.V., Glantz S.T., Scotland S., Kasner M.T., Carroll M. (2014) Induced differentiation of acute myeloid leukemia cells by activation of retinoid X and liver X receptors. Leukemia, 28(4), 749-760. CrossRef Scholar google search
Rosmarin A.G., Weil S.C., Rosner G.L., Griffin J.D., Arnaout M.A., Tenen D.G. (1989) Differential expression of CDllb/CD18 (Mol) and myeloperoxidase genes during myeloid differentiation. Blood, 73(1), 131-136. CrossRef Scholar google search
Gutjahr J.C., Bayer E., Yu X., Laufer J.M., Höpner J.P., Tesanovic S., Härzschel A., Auer G., Rieß T., Salmhofer A., Szenes E., Haslauer T., Durand-Onayli V., Ramspacher A., Pennisi S.P., Artinger M., Zaborsky N., Chigaev A., Aberger F., Neureiter D., Pleyer L., Legler D.F., Orian-Rousseau V., Greil R., Hartmann T.N. (2021) CD44 engagement enhances acute myeloid leukemia cell adhesion to the bone marrow microenvironment by increasing VLA-4 avidity. Haematologica, 106(8), 2102-2113. CrossRef Scholar google search
Wu B., Shi N., Sun L., Liu L. (2016) Clinical value of high expression level of CD71 in acute myeloid leukemia. Neoplasma, 63(5), 809-815. CrossRef Scholar google search
Wiśniewski J.R., Zougman A., Nagaraj N., Mann M. (2009) Universal sample preparation method for proteome analysis. Nat. Methods, 6(5), 359-362. CrossRef Scholar google search
Kalina T., Fišer K., Pérez-Andrés M., Kužílková D., Cuenca M., Bartol S.J.W., Blanco E., Engel P., van Zelm M.C. (2019) CD maps — dynamic profiling of CD1-CD100 surface expression on human leukocyte and lymphocyte subsets. Front. Immunol., 10, 2434. CrossRef Scholar google search
Edfors F., Danielsson F., Hallström B.M., Käll L., Lundberg E., Pontén F., Försstrom B., Uhlén M. (2016) Gene-specific correlation of RNA and protein levels in human cells and tissues. Mol. Syst. Biol., 12(10), 883. CrossRef Scholar google search
Pérez-Mojica J.E., Enders L., Walsh J., Lau K.H., Lempradl A. (2023) Continuous transcriptome analysis reveals novel patterns of early gene expression in Drosophila embryos. Cell Genomics, 3(3), 100265. CrossRef Scholar google search
Szlasa W., Czarny J., Sauer N., Rakoczy K., Szymańska N., Stecko J., Kołodziej M., Kaźmierczak M., Barg E. (2022) Targeting CD38 in neoplasms and non-cancer diseases. Cancers (Basel), 14(17), 4169. CrossRef Scholar google search
Dürig J., Naschar M., Schmücker U., Renzing-Köhler K., Hölter T., Hüttmann A., Dührsen U. (2002) CD38 expression is an important prognostic marker in chronic lymphocytic leukaemia. Leukemia, 16(1), 30-35. CrossRef Scholar google search
Benedicto A., Marquez J., Herrero A., Olaso E., Kolaczkowska E., Arteta B. (2017) Decreased expression of the β2 integrin on tumor cells is associated with a reduction in liver metastasis of colorectal cancer in mice. BMC Cancer, 17(1), 1-17. CrossRef Scholar google search
Zhang Q.Q., Hu X.W., Liu Y.L., Ye Z.J., Gui Y.H., Zhou D.L., Qi C.L., He X.D., Wang H., Wang L.J. (2015) CD11b deficiency suppresses intestinal tumor growth by reducing myeloid cell recruitment. Sci. Rep., 5, 1-12. CrossRef Scholar google search
Hsu Y.L., Yen M.C., Chang W.A., Tsai P.H., Pan Y.C., Liao S.H., Kuo P.L. (2019) CXCL17-derived CD11b+Gr-1 +myeloid-derived suppressor cells contribute to lung metastasis of breast cancer through platelet-derived growth factor-BB. Breast Cancer Res., 21(1), 1-13. CrossRef Scholar google search
Chen T., Yang K., Yu J., Meng W., Yuan D., Bi F., Liu F., Liu J., Dai B., Chen X., Wang F., Zeng F., Xu H., Hu J., Mo X. (2012) Identification and expansion of cancer stem cells in tumor tissues and peripheral blood derived from gastric adenocarcinoma patients. Cell Res., 22(1), 248-258. CrossRef Scholar google search
Barber N., Belov L., Christopherson R.I. (2008) All-trans retinoic acid induces different immunophenotypic changes on human HL60 and NB4 myeloid leukaemias. Leuk. Res., 32(2), 315-322. CrossRef Scholar google search
Ludwig C., Gillet L., Rosenberger G., Amon S., Collins B.C., Aebersold R. (2018) Data-independent acquisition-based SWATH-MS for quantitative proteomics: A tutorial. Mol. Syst. Biol., 14(8), e8126. CrossRef Scholar google search
Engel P., Boumsell L., Balderas R., Bensussan A., Gattei V., Horejsi V., Jin B.-Q., Malavasi F., Mortari F., Schwartz-Albiez R., Stockinger H., van Zelm M., Zola H., Clark G. (2015) CD Nomenclature 2015: Human leukocyte differentiation antigen workshops as a driving force in immunology. J. Immunol., 195, 4555-4563. CrossRef Scholar google search
