Проанализированы данные масс-спектрометрического эксперимента линии мышей, созданной для изучения механизмов развития фибромускулярной дисплазии, которые были депонированы d’Escamard и соавт. в ProteomeXchange (PXD051750). Идентификация пептидов с посттрансляционными модификациями (ПТМ) была проведена заново с использованием более жёстких условий, чем в оригинальной работе. При анализе изменения уровня ПТМ у экспериментальной и контрольной групп мышей рассматривали: ацетилирование остатка лизина и N-концевого пептида белка, убиквитинирование остатка лизина, фосфорилирование остатков серина, треонина и тирозина, дезаминирование остатков аспарагина и глутамина. В результате многоступенчатого отбора были отобраны 23 белка с ПТМ, для которых можно предположить разный уровень модификации между экспериментальной и контрольной группами. Из них наибольший интерес представляют 6 белков с N-концевым ацетилированием белка: P80318 (T-complex protein 1 subunit gamma), P43274 (Histone H1.4), P97823 (Acyl-protein thioesterase 1), P63242 (Eukaryotic translation initiation factor 5A-1), Q3UMT1 (Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12C), Q9D8Y0 (EF-hand domain-containing protein D2). Таким образом, повторный биоинформатический анализ данных, депонированных в специализированных базах данных, позволил выявить изменения в уровне N-концевого ацетилирования белков, которые могут быть функционально значимыми в механизме развития фибромускулярной дисплазии.
Воронина А.И., Мирошниченко Ю.В., Скворцов В.С. (2024) Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у линии мышей, созданной для изучения механизмов развития фибромускулярной дисплазии. Биомедицинская химия, 70(4), 248-255.
Воронина А.И. и др. Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у линии мышей, созданной для изучения механизмов развития фибромускулярной дисплазии // Биомедицинская химия. - 2024. - Т. 70. -N 4. - С. 248-255.
Воронина А.И. и др., "Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у линии мышей, созданной для изучения механизмов развития фибромускулярной дисплазии." Биомедицинская химия 70.4 (2024): 248-255.
Воронина, А. И., Мирошниченко, Ю. В., Скворцов, В. С. (2024). Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у линии мышей, созданной для изучения механизмов развития фибромускулярной дисплазии. Биомедицинская химия, 70(4), 248-255.
Кисриева Ю.С., Петушкова Н.А., Саменкова Н.Ф., Кузнецова Г.П., Ларина О.В., Теряева Н.Б., Усачев Д.Ю., Згода В.Г., Карузина И.И. (2019) Сравнительный анализ модификаций протеома плазмы крови больных церебральной ишемией на основе метода ВЭЖХ-МС/МС. Биомедицинская химия, 65(3), 251–258. CrossRef Scholar google search
Скворцов В.С., Иванова Я.О., Воронина А.И. (2021) Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем посттрансляционных модификаций при экспериментальном ишемическом инсульте у мышей. Биомедицинская химия, 67(6), 475–484. CrossRef Scholar google search
Simats A., Ramiro L., García-Berrocoso T., Briansó F., Gonzalo R., Martín L., Sabé A., Gill N., Penalba A., Colomé N., Sánchez A., Canals F., Bustamante A., Rosell A., Montaner J. (2020) A mouse brain-based multi-omics integrative approach reveals potential blood biomarkers for ischemic stroke. Mol. Cell. Proteomics, 19(12), 1921–1936. CrossRef Scholar google search
d’Escamard V., Lu S., Weiser-Evans M.C., Kovacic J. (2024) Integrative gene regulatory network analysis discloses key driver genes of fibromuscular dysplasia in females: The DEFINE-FMD study, accepted by Nature Cardiovascular Research. Scholar google search
Gornik H.L., Persu A., Adlam D., Aparicio L.S., Azizi M., Boulanger M., Bruno R.M., de Leeuw P., Fendrikova-Mahlay N., Froehlich J., Ganesh S.K., Gray B.H., Jamison C., Januszewicz A., Jeunemaitre X., Kadian-Dodov D., Kim E.S., Kovacic J.C., Mace P., Morganti A., Sharma A., Southerland A.M., Touzé E., van der Niepen P., Wang J., Weinberg I., Wilson S., Olin J.W., Plouin P.F. (2019) First international consensus on the diagnosis and management of fibromuscular dysplasia. Vas. Med., 24(2), 164–189. CrossRef Scholar google search
Yang-Jensen K.C., Sara M. Jørgensen S.M., Chuang C.Y., Davies M.J. (2024) Modification of extracellular matrix proteins by oxidants and electrophiles. Biochem. Soc. Trans., 52(3), 1199–1217. CrossRef Scholar google search
Ma B., Zhang K., Hendrie C., Liang C., Li M., Doherty-Kirby A., Lajoie G. (2003) PEAKS: Powerful software for peptide de novo sequencing by tandem mass spectrometry. Rapid Commun. Mass Spectrom., 17(20), 2337–2342. CrossRef Scholar google search
The UniProt Consortium (2020) UniProt: The universal protein knowledgebase in 2021. Nucleic Acids Res., 49(D1), D480–D489. CrossRef Scholar google search
Progenesis LC-MS version 4.0, Nonlinear Dynamics, Newcastle upon Tyne, UK. Scholar google search
Dutta B., Park J.E., Kumar S., Hao P., Gallart-Palau X., Serra A., Ren Y., Sorokin V., Lee C.N., Ho H.H., de Kleijn D., Sze S.K. (2017) Monocyte adhesion to atherosclerotic matrix proteins is enhanced by Asn-Gly-Arg deamidation. Sci. Rep., 7, 5765. CrossRef Scholar google search
