1. Научно-исследовательский институт медицинской микологии имени П.Н. Кашкина, Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова, Санкт-Петербург, Россия 2. Научно-исследовательский институт медицинской микологии имени П.Н. Кашкина, Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова, Санкт-Петербург, Россия; Институт прикладных компьютерных наук, Университет ИТМО,
197101, Санкт-Петербург, Россия 3. Harbin Medical University, Harbin, China
Рецидивирующий вульвовагинальный кандидоз (РВВК) — одна из наиболее сложных форм урогенитальной инфекции по совокупности клинической нагрузки, влиянию на качество жизни и трудности профилактики рецидивов. Цель исследования состояла в комплексной характеристике таксономического состава и функционального потенциала вагинального микробиома, ассоциированного с РВВК. В исследование по типу “случай-контроль” были включены пациентки с РВВК и условно здоровые женщины. Анализ вагинальных образцов выполняли методом панорамного метагеномного секвенирования с последующей таксономической и функциональной аннотацией микробиома с использованием контроля качества данных, таксономической классификации (Kraken2, MetaPhlAn4) и функциональной аннотации (HUMAnN 3.9). На уровне структуры сообщества микробиом РВВК характеризовался выраженной межиндивидуальной вариабельностью и не представлял собой единую конфигурацию микробиоты. Таксономический профиль микробиома при РВВК отличался повышенной представленностью Lactobacillus iners и анаэробных таксонов (Prevotella bivia, Dialister microaerophilus), формирующих компактное “ядро” межгрупповых различий. Функциональный анализ выявил ограниченный, но воспроизводимый набор метаболических путей, ассоциированных с РВВК, включая пути пуринового метаболизма, центрального углеводного обмена, биосинтеза кофакторов и компонентов клеточной стенки. РВВК ассоциирован не только с изменениями таксономического состава микробиоты, но и с устойчивой перестройкой её функционального потенциала. Выявленные сдвиги в паттернах метаболических путей отражают переход вагинального микробного сообщества к альтернативному функциональному состоянию, что подчёркивает необходимость разработки новых терапевтических стратегий альтернативных традиционным подходам с использованием противогрибковых лекарственных средств.
Оганесян Э.Г. и др. Микробиом, ассоциированный с рецидивирующим вульвовагинальным кандидозом: ключевые характеристики и потенциальные мишени коррекции // Биомедицинская химия. - 2026. - Т. 72. -N 1. - С. 62-74.
Оганесян Э.Г. и др., "Микробиом, ассоциированный с рецидивирующим вульвовагинальным кандидозом: ключевые характеристики и потенциальные мишени коррекции." Биомедицинская химия 72.1 (2026): 62-74.
Оганесян, Э. Г., Жук, А. С., Венчакова, В. В., Долго-Сабурова, Ю. В., Жорж, О. Н., Чжан, Ф. -М., Васильева, Н. В., Тараскина, А. Е. (2026). Микробиом, ассоциированный с рецидивирующим вульвовагинальным кандидозом: ключевые характеристики и потенциальные мишени коррекции. Биомедицинская химия, 72(1), 62-74.
Список литературы
Caetano C.F., Gaspar C., Martinez-de-Oliveira J., Palmeira-de-Oliveira A., Rolo J. (2023) The role of yeasts in human health: a review. Life, 13(4), 924. CrossRef Scholar google search
Esposito M.M., Patsakos S., Borruso L. (2023) The role of the mycobiome in women’s health. J. Fungi, 9(3), 348. CrossRef Scholar google search
Moosa Y., Kwon D., de Oliveira T., Wong E.B. (2020) Determinants of vaginal microbiota composition. Front. Cell. Infect. Microbiol., 10, 467. CrossRef Scholar google search
Chen C., Song X., Wei W., Zhong H., Dai J., Lan Z., Li F., Yu X., Feng Q., Wang Z., Xie H., Chen X., Zeng C., Wen B., Zeng L., Du H., Tang H., Xu C., Xia Y., Xia H., Yang H., Wang J., Wang J., Madsen L., Brix S., Kristiansen K., Xu X., Li J., Wu R., Jia H. (2017) The microbiota continuum along the female reproductive tract and its relation to uterine-related diseases. Nat. Commun., 8, 875. CrossRef Scholar google search
Son K.-A., Kim M., Kim Y.M., Kim S.H., Choi S.-J., Oh S.-Y., Roh C.-R., Kim J.-H. (2018) Prevalence of vaginal microorganisms among pregnant women according to trimester and association with preterm birth. Obstet. Gynecol. Sci., 61(1), 38–47. CrossRef Scholar google search
Chee W.J.Y., Chew S.Y., Than L.T.L. (2020) Vaginal microbiota and the potential of Lactobacillus derivatives in maintaining vaginal health. Microb. Cell Fact., 19(1), 203. CrossRef Scholar google search
Bradshaw C.S., Sobel J.D. (2016) Current treatment of bacterial vaginosis — limitations and need for innovation. J. Infect. Dis., 214(Suppl 1), S14–S20. CrossRef Scholar google search
Younes J.A., Lievens E., Hummelen R., van der Westen R., Reid G., Petrova M.I. (2018) Women and their microbes: the unexpected friendship. Trends Microbiol., 26(1), 16–32. CrossRef Scholar google search
Bradfield Strydom M., Khan S., Walpola R.L., Ware R.S., Tiralongo E. (2023) Interplay of the microbiome and antifungal therapy in recurrent vulvovaginal candidiasis (RVVC): a narrative review. J. Med. Microbiol., 72(5), 001705. CrossRef Scholar google search
Alonso-Roman R., Last A., Mirhakkak M.H., Sprague J.L., Möller L., Großmann P., Graf K., Gratz R., Mogavero S., Vylkova S., Panagiotou G., Schäuble S., Hube B., Gresnigt M.S. (2022) Lactobacillus rhamnosus colonisation antagonizes Candida albicans by forcing metabolic adaptations that compromise pathogenicity. Nat. Commun., 13, 3192. CrossRef Scholar google search
Hasselrot T., Alvendal C., Hunt S., Franzén Boger M., Kaldhusdal V., Damdimopoulos A., Schuppe-Koistinen I., Edfeldt G., Bohm-Starke N., Broliden K. (2025) Vaginal transcriptional signatures of the neutrophil-driven immune response correlate with clinical severity during recurrent vulvovaginal candidiasis. Am. J. Reprod. Immunol., 93(1), e70040. CrossRef Scholar google search
McKloud E., Delaney C., Sherry L., Kean R., Williams S., Metcalfe R., Thomas R., Richardson R., Gerasimidis K., Nile C.J., Williams C., Ramage G. (2021) Recurrent vulvovaginal candidiasis: a dynamic interkingdom biofilm disease of Candida and Lactobacillus. mSystems, 6(4), e00622-21. CrossRef Scholar google search
Patel D.A., Gillespie B., Sobel J.D., Leaman D., Nyirjesy P., Weitz M.V., Foxman B. (2004) Risk factors for recurrent vulvovaginal candidiasis in women receiving maintenance antifungal therapy: results of a prospective cohort study. Am. J. Obstet. Gynecol., 190(3), 644–653. CrossRef Scholar google search
Denning D.W., Kneale M., Sobel J.D., Rautemaa-Richardson R. (2018) Global burden of recurrent vulvovaginal candidiasis: a systematic review. Lancet Infect. Dis., 18(11), e339–e347. CrossRef Scholar google search
Yano J., Sobel J.D., Nyirjesy P., Sobel R., Williams V.L., Yu Q., Noverr M.C., Holland M.J., Fidel P.L. Jr (2019) Current patient perspectives of vulvovaginal candidiasis. BMC Women’s Health, 19, 48. CrossRef Scholar google search
Cornely O.A. (2021) Global guideline for the diagnosis and management of candidiasis [Internet]. ECMM/ISHAM. Retrieved January 3, 2026, from: https://www.ecmm.info/guidelines/. Scholar google search
Arastehfar A., Kargar M.L., Mohammadi S.R., Roudbary M., Ghods N., Haghighi L., Daneshnia F., Tavakoli M., Jafarzadeh J., Hedayati M.T., Wang H., Fang W., Carvalho A., Ilkit M., Perlin D.S., Lass-Flörl C. (2021) A high rate of recurrent vulvovaginal candidiasis and therapeutic failure of azole derivatives among Iranian women. Front. Microbiol., 12, 655069. CrossRef Scholar google search
Zhou X., Westman R., Hickey R., Hansmann M.A., Kennedy C., Osborn T.W., Forney L.J. (2009) Vaginal microbiota of women with frequent vulvovaginal candidiasis. Infect. Immun., 77(9), 4130–4135. CrossRef Scholar google search
Macklaim J.M., Clemente J.C., Knight R., Gloor G.B., Reid G. (2015) Changes in vaginal microbiota following antimicrobial and probiotic therapy. Microb. Ecol. Health Dis., 26, 27799. CrossRef Scholar google search
Tortelli B.A., Lewis W.G., Allsworth J.E., Member-Meneh N., Foster L.R., Reno H.E., Peipert J.F., Fay J.C., Lewis A.L. (2020) Associations between the vaginal microbiome and Candida colonization in women of reproductive age. Am. J. Obstet. Gynecol., 222(5), 471.e1–471.e9. CrossRef Scholar google search
Petrova M.I., Reid G., Vaneechoutte M., Lebeer S. (2017) Lactobacillus iners: friend or foe? Trends Microbiol., 25(3), 182–191. CrossRef Scholar google search
Delavy M., Sertour N., d’Enfert C., Bougnoux M.-E. (2023) Metagenomics and metabolomics approaches in the study of Candida albicans colonization of host niches. Trends Microbiol., 31(12), 1276–1286. CrossRef Scholar google search
Quince C., Walker A.W., Simpson J.T., Loman N.J., Segata N. (2017) Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat. Biotechnol., 35(9), 833–844. CrossRef Scholar google search
Liang Y., Huang Z., Fan S., Li C., Huang L., Huang C., Hutchins A.P., Fang C., Zhang X. (2024) Highlight signatures of vaginal microbiota and metabolome contributed to the occurrence and recurrence of vulvovaginal candidiasis. Microbiol. Spectr., 12(12), e01521-24. CrossRef Scholar google search
Hameed S., Hans S., Monasky R., Thangamani S., Fatima Z. (2021) Understanding human microbiota offers novel and promising therapeutic options against Candida infections. Pathogens, 10(2), 183. CrossRef Scholar google search
Babraham Bioinformatics, Babraham Institute, Cambridge, UK. Retrieved January 22, 2026, from: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/. Scholar google search
Chen S., Zhou Y., Chen Y., Gu J. (2018) fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics, 34(17), i884–i890. CrossRef Scholar google search
Liu Y.-X., Qin Y., Chen T., Lu M., Qian X., Guo X., Bai Y. (2021) A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data. Protein Cell, 12(5), 315–330. CrossRef Scholar google search
Wood D.E., Lu J., Langmead B. (2019) Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biol., 20, 257. CrossRef Scholar google search
Blanco-Míguez A., Beghini F., Cumbo F., McIver L.J., Thompson K.N., Zolfo M., Manghi P., Dubois L., Huang K.D., Thomas A.M., Nickols W.A., Piccinno G., Piperni E., Punčochář M., Valles-Colomer M., Tett A., Giordano F., Davies R., Wolf J., Berry S.E., Spector T.D., Franzosa E.A., Pasolli E., Asnicar F., Huttenhower C., Segata N. (2023) Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4. Nat. Biotechnol., 41(11), 1633–1644. CrossRef Scholar google search
humann3 – The Huttenhower Lab. Retrieved January 11, 2026, from: https://huttenhower.sph.harvard.edu/humann/. Scholar google search
Lee C.Y., Diegel J., France M.T., Ravel J., Arnold K.B. (2023) Evaluation of vaginal microbiome equilibrium states identifies microbial parameters linked to resilience after menses and antibiotic therapy. PLOS Comput. Biol., 19(8), e1011295. CrossRef Scholar google search
Vaneechoutte M. (2017) Lactobacillus iners, the unusual suspect. Res. Microbiol., 168(9–10), 826–836. CrossRef Scholar google search
Cohen S., Ost K.S., Doran K.S. (2024) Impact of interkingdom microbial interactions in the vaginal tract. PLOS Pathogens, 20(3), e1012018. CrossRef Scholar google search
Muzny C.A., Elnaggar J.H., Sousa L.G.V., Lima Â., Aaron K.J., Eastlund I.C., Graves K.J., Dong C., van Gerwen O.T., Luo M., Tamhane A., Long D., Cerca N., Taylor C.M. (2024) Microbial interactions among Gardnerella, Prevotella and Fannyhessea prior to incident bacterial vaginosis: protocol for a prospective, observational study. BMJ Open, 14(2), e083516. CrossRef Scholar google search
MacAlpine J., Lionakis M.S. (2024) Host-microbe interaction paradigms in acute and recurrent vulvovaginal candidiasis. Cell Host Microbe, 32(10), 1654–1667. CrossRef Scholar google search
Pietrella D., Rachini A., Pines M., Pandey N., Mosci P., Bistoni F., d’Enfert C., Vecchiarelli A. (2011) Th17 cells and IL-17 in protective immunity to vaginal candidiasis. PLOS One, 6(7), e22770. CrossRef Scholar google search
Borghi M., de Luca A., Puccetti M., Jaeger M., Mencacci A., Oikonomou V., Pariano M., Garlanda C., Moretti S., Bartoli A., Sobel J., van de Veerdonk F.L., Dinarello C.A., Netea M.G., Romani L. (2015) Pathogenic NLRP3 inflammasome activity during Candida infection is negatively regulated by IL-22 via activation of NLRC4 and IL-1Ra. Cell Host Microbe, 18(2), 198–209. CrossRef Scholar google search
Camilli G., Griffiths J.S., Ho J., Richardson J.P., Naglik J.R. (2020) Some like it hot: Candida activation of inflammasomes. PLOS Pathogens, 16(10), e1008975. CrossRef Scholar google search
France M.T., Fu L., Rutt L., Yang H., Humphrys M.S., Narina S., Gajer P., Ma B., Forney L.J., Ravel J. (2022) Insight into the ecology of vaginal bacteria through integrative analyses of metagenomic and metatranscriptomic data. Genome Biol., 23, 66. CrossRef Scholar google search
Miller E.A., Beasley D.E., Dunn R.R., Archie E.A. (2016) Lactobacilli dominance and vaginal pH: why is the human vaginal microbiome unique? Front. Microbiol., 7, 1936. CrossRef Scholar google search
van der Veer C., Hertzberger R.Y., Bruisten S.M., Tytgat H.L.P., Swanenburg J., de Kat Angelino-Bart A., Schuren F., Molenaar D., Reid G., de Vries H., Kort R. (2019) Comparative genomics of human Lactobacillus crispatus isolates reveals genes for glycosylation and glycogen degradation: implications for in vivo dominance of the vaginal microbiota. Microbiome, 7, 49. CrossRef Scholar google search
Song J., Dong X., Lan Y., Lu Y., Liu X., Kang X., Huang Z., Yue B., Liu Y., Ma W., Zhang L., Yan H., He M., Fan Z., Guo T. (2024) Interpretation of vaginal metagenomic characteristics in different types of vaginitis. mSystems, 9(3), e01377–23. CrossRef Scholar google search
Bommana S., Richards G., Kama M., Kodimerla R., Jijakli K., Read T.D., Dean D. (2022) Metagenomic shotgun sequencing of endocervical, vaginal, and rectal samples among Fijian women with and without Chlamydia trachomatis reveals disparate microbial populations and function across anatomic sites: a pilot study. Microbiol. Spectr., 10(3), e00105–22. CrossRef Scholar google search
Boahen A., Than L.T.L., Loke Y.L., Chew S.Y. (2022) The antibiofilm role of biotics family in vaginal fungal infections. Front. Microbiol., 13, 787119. CrossRef Scholar google search
