Проведён повторный анализ оригинальных протеомных данных исследований ткани гиппокампа [DOI: 10.1172/jci.insight.188612] и височной доли коры мозга [DOI: 10.1016/j.expneurol.2025.115361] пациентов с височной эпилепсией. Его целью был поиск белков, для которых при этом заболевании может меняться уровень посттрансляционных модификаций (ПТМ). Для этого использовали три набора данных (PXD064519, ZMP8KU и PXD010154), депонированных в PRIDE и Texas Data Repository. В качестве целевых ПТМ рассматривали фосфорилирование и N-концевое ацетилирование. В ходе повторной идентификации пептидов рассматривали только те из них, для которых были идентифицированы оба варианта (с ПТМ и без). Использовали алгоритм сравнения данных, независимый от выравнивания данных экспериментов между отдельными пробами. В результате отобраны 35 белков, для которых показано значимое изменение уровня фосфорилирования. Для 12 из них значимые изменения были зафиксированы в обоих наборах данных. Для 29 белков из списка имеются упоминания об их связи с патогенезом эпилепсии в литературных источниках.
Мирошниченко Ю.В., Рыбина А.В., Скворцов В.С. (2026) Идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у пациентов с височной эпилепсией в разных отделах мозга человека. Биомедицинская химия, 72(2), 118-127.
Мирошниченко Ю.В. и др. Идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у пациентов с височной эпилепсией в разных отделах мозга человека // Биомедицинская химия. - 2026. - Т. 72. -N 2. - С. 118-127.
Мирошниченко Ю.В. и др., "Идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у пациентов с височной эпилепсией в разных отделах мозга человека." Биомедицинская химия 72.2 (2026): 118-127.
Мирошниченко, Ю. В., Рыбина, А. В., Скворцов, В. С. (2026). Идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у пациентов с височной эпилепсией в разных отделах мозга человека. Биомедицинская химия, 72(2), 118-127.
Список литературы
Мирошниченко Ю.В., Рыбина А.В., Скворцов В.С. (2025) Идентификация белков с меняющимся уровнем посттрансляционных модификаций при височной эпилепсии у человека. Биомедицинская химия, 71(5), 351–363. CrossRef Scholar google search
Скворцов В.С., Иванова Я.О., Воронина А.И. (2021) Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем посттрансляционных модификаций при экспериментальном ишемическом инсульте у мышей. Биомедицинская химия, 67(6), 475–484. CrossRef Scholar google search
Воронина А.И., Мирошниченко Ю.В., Скворцов В.С. (2024) Биоинформатическая идентификация белков с меняющимся уровнем ПТМ у линии мышей, созданной для изучения механизмов развития фибромускулярной дисплазии. Биомедицинская химия, 70(4), 248–255. CrossRef Scholar google search
Martens L., Hermjakob H., Jones P., Adamski M., Taylor C., States D., Gevaert K., Vandekerckhove J., Apweiler R. (2005) PRIDE: the proteomics identifications database. Proteomics, 5(13), 3537–3545. CrossRef Scholar google search
Salovska B., Liu Y. (2023) Post-translational modification and phenotype. Proteomics, 23(3–4), e2200535. CrossRef Scholar google search
Yamaguchi K., Hu Y.-Y., Kawajiri K., Itakura M., Nakashima F., Shibata T., Uchida K. (2025) Adductome-based identification of lysine monomethylation as a key post-translational protein modification in autoimmune diseases. J. Biol. Chem., 301(10), 110684. CrossRef Scholar google search
Mathoux J., Wilson M.-M., Srinivas S., Litovskich G., Villalba Benito L., Tran C., Kesavan J., Harnett A., Auer T., Sanz-Rodriguez A., Alkhayyat M.Kh.A.E., Sullivan M., Liu Z., Huang Y., Lacey A., Delanty N., Cryan J., Brett F.M., Farrell M.A., O'Brien D.F., Casillas-Espinosa P.M., Jimenez-Mateos E.M., Glennon J.C., Canavan M., Henshall D.C., Brennan G.P. (2025) N6-methyladenosine (m6A) dysregulation contributes to network excitability in temporal lobe epilepsy. JCI Insight, 10(14), e188612. CrossRef Scholar google search
Li Y., Sadri Z., Blandin K.J., Narvaiz D.A., Aryal U.K., Lugo J.N., Poolos N.P., Brewster A.L. (2025) Sex-specific proteomic analysis of epileptic brain tissues from Pten knockout mice and human refractory epilepsy. Exp. Neurol., 392, 115361. CrossRef Scholar google search
Wang D., Eraslan B., Wieland T., Hallström B., Hopf T., Zolg D.P., Zecha J., Asplund A., Li L.-H., Meng C., Frejno M., Schmidt T., Schnatbaum K., Wilhelm M., Ponten F., Uhlen M., Gagneur J., Hahne H., Kuster B. (2019) A deep proteome and transcriptome abundance atlas of 29 healthy human tissues. Mol. Syst. Biol., 15(2), e8503. CrossRef Scholar google search
Ma B., Zhang K., Hendrie C., Liang C., Li M., Doherty-Kirby A., Lajoie G. (2003) PEAKS: powerful software for peptide de novo sequencing by tandem mass spectrometry. Rapid Commun. Mass Spectrom., 17(20), 2337–2342. CrossRef Scholar google search
The UniProt Consortium (2020) UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021. Nucleic Acids Res., 49(D1), D480–D489. CrossRef Scholar google search
Progenesis LC-MS version 4.0, Nonlinear Dynamics, Newcastle upon Tyne, UK. Scholar google search
Berthold M.R., Cebron N., Dill F., Gabriel T.R., Kötter T., Meinl T., Ohl P., Thiel K., Wiswedel B. (2009) KNIME — the Konstanz Information Miner: version 2.0 and beyond. ACM SIGKDD Explorations Newsletter, 11(1), 26–31. CrossRef Scholar google search
Yeom J., Ju S., Choi Y., Paek E., Lee C. (2017) Comprehensive analysis of human protein N-termini enables assessment of various protein forms. Sci. Rep., 7, 6599. CrossRef Scholar google search
Ashiuchi M., Yagami T., Willey R.J., Padovan J.C., Chait B.T., Popowicz A., Manning L.R., Manning J.M. (2005) N-terminal acetylation and protonation of individual hemoglobin subunits: position-dependent effects on tetramer strength and cooperativity. Protein Sci., 14(6), 1458–1471. CrossRef Scholar google search
Xu A.S., Macdonald J.M., Labotka R.J., London R.E. (1999) NMR study of the sites of human hemoglobin acetylated by aspirin. Biochim. Biophys. Acta, 1432(2), 333–349. CrossRef Scholar google search
