Пилотное панорамное исследование протеома мононуклеаров периферической крови у пациентов с различными МРТ-типами церебральной микроангиопатии
Гейнц А.А., Шлапакова П.С., Добрынина Л.А., Кремнева Е.И., Хряпова Е.В., Згода В.Г., Тихонова О.В.Год: 2026 Том: 72 Выпуск: 2 Стр: 128-140
| Дополнительные материалы: | RU | EN |
| Содержания белковых групп(S1) в 6 образцах: log2-трансформированные величины LFQ c нормализацией по Z-score и фильтрацией по валидным значениям LFQ (5 валидных значений из 6 хотя бы в одной экспериментальной группе). S2.1 включает основные аспекты описательной статистики, расчитанной по LFQ для каждого образца, S2.2 - рассчитанной по LFQ для каждого отдельного белка. На обоих листах приводятся суммма, среднее арифметическое, медиана, стандартное отклонение, стандартная ошибка, коэффициент вариации, минимум, максимум, размах, 1-ый квартиль, 3-ий квартиль. Оценка дифференциальной экспрессии белков по итоговым расчетным log2-трансформированным нормализованным значениям LFQ между когортами (ЦМА vs норма (S3.1), МРТ-тип 1 vs норма (S3.2), МРТ-тип 2 vs норма (S3.3), МРТ-тип 1 vs МРТ-тип 2 (S3.4)) на основе оценки t-критерия Стьюдента (q-value < 0,05, s0 = 1) с поправкой на множественность сравнения (permutation-based FDR), предусматриваемой по умолчанию в ПО Perseus 2.1.3.0. Для построения тепловой карты профилей экспрессии белков проводилось предварительное сравнение трех когорт (МРТ-тип 1, МРТ-тип 2, норма) методом ANOVA с последующим попарным сравнением методом теста Тьюка (post-hoc Tukey’s HSD test, q-value< 0,05) - S4.1. Функциональная аннотация белков со значимо измененной экспрессией произведена точным методом Фишера на основе международных баз данных молекулярных путей (GO, GSEA, Reactome, KEGG, Pfam, interpro) - S4.2. |