Гидратационный микроскоп. Интернет-ресурс для визуализации микроскопической структуры гидратации макромолекул
Тихонов Д.А.1 , Павлышев С.В.1, Павлов А.Н.1
1. Институт Математических Проблем Биологии РАН
Раздел: Экспериментальные/клинические исследование
Год: 2004
Создан WEB-сервер, осуществляющий визуализацию данных по теоретическим расчетам гидратации макромолекул. Сервер предоставляет пользователю изображения атом-атомных корреляционных функций гидратации макромолекул. Корреляционные функции предварительно получены путем решения интегральных уравнений теории жидкости в приближении RISM (Reference Interaction Site Model). Дополнительная информация в виде таблиц парциальных атомных вкладов в термодинамические величины гидратации и объемная визуализация макромолекулы позволяет пользователю выбрать интересующие его функции в диалоговом режиме. В настоящее время сервер содержит данные о корреляционных функциях 926 пептидов с максимальным числом атомов 5124
Загрузить PDF:
Цитирование:
Тихонов Д.А., Павлышев С.В., Павлов А.Н. (2004) Гидратационный микроскоп. Интернет-ресурс для визуализации микроскопической структуры гидратации макромолекул. Биомедицинская химия, 50(приложение 1), 158-162.
Тихонов Д.А. и др. Гидратационный микроскоп. Интернет-ресурс для визуализации микроскопической структуры гидратации макромолекул // Биомедицинская химия. - 2004. - Т. 50. -N приложение 1. - С. 158-162.
Тихонов Д.А. и др., "Гидратационный микроскоп. Интернет-ресурс для визуализации микроскопической структуры гидратации макромолекул." Биомедицинская химия 50.приложение 1 (2004): 158-162.
Тихонов, Д. А., Павлышев, С. В., Павлов, А. Н. (2004). Гидратационный микроскоп. Интернет-ресурс для визуализации микроскопической структуры гидратации макромолекул. Биомедицинская химия, 50(приложение 1), 158-162.
Список литературы
Chandler D., Andersen H.C. (1972) «Optimized Cluster Expansions for Classical Fluids. II. Theory of Molecular Liquids.», Journal of Chemical Physics, 57 pp. 1930-1937. Scholar google search
Tikhonov, D. A. et al. (1998), «Hydration of a B-DNA fragment in the method of atom-atom correlation functions with the reference interaction.» Journal of Chemical Physics, 109 pp. 1528-1539. Scholar google search
Тихонов Д. А. (2002) «Метод интегральных уравнений теории жидкости для изучения гидратации макромолекул» В кн. «Компьютеры и суперкомпьютеры в биологии» под редакцией В.Д.Лахно и М.Н.Устинина. - Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований, стр. 209-233. Scholar google search
Jacek Dudowicz, Karl F. Freed, and Min-yi Shen (2003) «Hydration structure of met-enkephalin: A molecular dynamics study» Journal of Chemical Physics, 118 pp. 1989-1995 . Scholar google search
Kinoshita M., Okamoto Y., Hirata F. (1997) "Solvation structure and stability of peptides in aqueous solutions analyzed by the reference interaction site model theory" Journal of Chemical Physics 107 pp. 1586 –1599. Scholar google search
Тихонов Д.А., Павлов А.Н., Тюльбашева Г.Э., Устинин М.Н., Лахно В.Д. (2003) «Исследование гидратации малых пептидов методами интегральных уравнений теории жидкостей. База данных по расчетам гидратации пептидов» Интернет-конференция ИВТН http://www.ivtn.ru/2-session/enter/paper.phtml?r=32 База данных: http://www.jcbi.ru/Tikhonov/index.shtml. Scholar google search
