Создание обобщённой модели предсказания ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов

   
Микурова А.В.1 , Скворцов В.С.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Раздел: Экспериментальные исследования
DOI: 10.18097/PBMC20186403247      Идентификатор PubMed: 29964260
Год: 2018  том: 64  выпуск: 3  страницы: 247-252
Представлены предварительные результаты универсальной модели предсказания значений IC50 ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа произвольного штамма. В уравнениях предсказания использовали в качестве независимых переменных энергетические параметры комплексов, полученные в результате моделирования 30 вариантов структур нейраминидаз, с последующим докингом и симуляцией молекулярной динамики. В качестве лигандов в работе рассмотрены молекулы известных лекарственных средств – ингибиторов нейраминидазы – осельтамивира, занамивира и перамивира, а также субстрат этого фермента – MUNANA. Использование расчётных параметров комплексов ингибиторов с нейраминидазой не дало возможности построить корреляционное уравнение с приемлемыми параметрами (R2£0,3). Однако, если использовать информацию о связывании с нейраминидазой субстрата, относительно которого были измерены величины IC50, то полученные уравнения предсказания IC50 становятся значимыми (R2³0,55). Делается вывод, что уравнения, объединяющие не только различные лиганды, но и множество вариантов таргетного белка их связывающих, в случае использования как целевого параметра величины IC50 должны учитывать и связывание субстрата, относительно которого в эксперименте измеряли величину IC50. В этом случае, использование смоделированных белков оправдано. Предсказательная сила таких моделей критически зависит от качества моделирования комплексов.
Загрузить PDF:  
Ключевые слова: нейраминидаза вируса гриппа, ингибиторы, вычислительные методы, QSAR
Цитирование:

Микурова, А. В., Скворцов, В. С. (2018). Создание обобщённой модели предсказания ингибирования нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов. Биомедицинская химия, 64(3), 247-252.
Переводная версия в журнале
«Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B»: 10.1134/S1990750818040054
Список литературы