Извлечение информации о взаимодействии вирусов с организмом человека и о противовирусных соединениях на основе интеллектуального анализа больших коллекций текстов
Разработка эффективных противовирусных препаратов имеет огромное значение в связи с возможностью быстрого распространения вирусных инфекций. Накопление сведений в базах данных биологически активных соединений и в научных публикациях даёт возможность извлекать информацию о взаимодействии между мишенями организма человека и фармакологически активными веществами. Эта информация может быть использована для получения знаний о потенциальной фармакологической активности химических соединений, их побочных эффектах и токсичности. Цель нашего исследования — извлечение информации о взаимодействии вируса и организма человека, а также о потенциальных противовирусных соединениях на основе автоматического анализа большого массива научных публикаций. С помощью разработанных ранее и усовершенствованных в рамках настоящей работы методов мы извлекли информацию о взаимодействии вируса и хозяина и наименованиях соединений, которые взаимодействуют с белками вирусов или организма человека. Мы собрали данные о взаимодействии нескольких вирусов, включая вирусы гепатита B и C, SARS-CoV-2, гриппа A и B и вируса простого герпеса, с (1) организмом человека, (2) потенциальными противовирусными соединениями, а также информацию о взаимодействии между потенциальными противовирусными соединениями и белками хозяина. На основе проведённого анализа данных создана свободно доступная база знаний о взаимодействии химических веществ с белками вирусов, белками организма человека, включая лекарственные соединения, их взаимодействие и применение в терапии вирусных инфекций и других заболеваний.
Тарасова О.А., Бизюкова Н.Ю., Столбова Е.А., Столбов Л.А., Такташов Р.Р., Карасев Д.А., Ионов Н.С., Иванов С.М., Дмитриев А.В., Рудик А.В., Дружиловский Д.С., Соболев Б.Н., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2024) Извлечение информации о взаимодействии вирусов с организмом человека и о противовирусных соединениях на основе интеллектуального анализа больших коллекций текстов. Биомедицинская химия, 70(6), 469-474.
Тарасова О.А. и др. Извлечение информации о взаимодействии вирусов с организмом человека и о противовирусных соединениях на основе интеллектуального анализа больших коллекций текстов // Биомедицинская химия. - 2024. - Т. 70. -N 6. - С. 469-474.
Тарасова О.А. и др., "Извлечение информации о взаимодействии вирусов с организмом человека и о противовирусных соединениях на основе интеллектуального анализа больших коллекций текстов." Биомедицинская химия 70.6 (2024): 469-474.
Тарасова, О. А., Бизюкова, Н. Ю., Столбова, Е. А., Столбов, Л. А., Такташов, Р. Р., Карасев, Д. А., Ионов, Н. С., Иванов, С. М., Дмитриев, А. В., Рудик, А. В., Дружиловский, Д. С., Соболев, Б. Н., Филимонов, Д. А., Поройков, В. В. (2024). Извлечение информации о взаимодействии вирусов с организмом человека и о противовирусных соединениях на основе интеллектуального анализа больших коллекций текстов. Биомедицинская химия, 70(6), 469-474.
Список литературы
Catacutan D.B., Alexander J., Arnold A., Stokes J. (2024) Machine learning in preclinical drug discovery. Nat. Chem. Biol., 20(8), 960–973. CrossRef Scholar google search
Tarasova O.A., Rudik A.V., Biziukova N.Y., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2022) Chemical named entity recognition in the texts of scientific publications using the naïve Bayes classifier approach. J. Cheminformatics, 14(1), 55. CrossRef