Идентификация протеоформ мозга мышей: сравнение данных 2D-электрофореза и независимого эксперимента с масс-спектрометрической идентификацией

  
Рыбина А.В.1

1. Научно-исследовательский институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича, Москва, Россия
Раздел: Экспериментальные исследования
DOI: 10.18097/PBMC20247006475      Идентификатор PubMed: 39718111
Год: 2024  том: 70  выпуск: 6  страницы: 475-480
Ранее был предложен алгоритм предварительной идентификации белковых протеоформ, ассоциированных с посттрансляционными модификациями (ПТМ), на основе данных 2D-электрофореза (DOI: 10.18097/BMCRM00191). В данной работе предпринята попытка оценить его работоспособность, используя экспериментальные данные из двух работ разных авторов, полученных на мышах. Авторы первой работы выделили 8 групп пятен на 2D-электрофоретических картах, соответствующих 8 белкам, имеющим не менее двух неконкретизированных протеоформ. Авторы второй анализировали образцы мозга, используя метод LC-MS/MS. В данной работе идентификация пептидов с ПТМ была выполнена заново с использованием исходных данных из второй работы. Из 8 целевых белков 7 были идентифицированы в большинстве биологических проб. Для 4 из них было найдено 17 возможных модификаций. 5 вариантов протеоформ с идентифицированными ПТМ совпали с точками на картах 2D-электрофореза. Таким образом, использование предсказания величины pI для белков с гипотетическими ПТМ позволяет сформировать набор гипотез, какие конкретно протеоформы наблюдаются на картах 2D-электрофореза.
Загрузить PDF:  
Ключевые слова: биоинформатика, 2D-электрофорез, масс-спектрометрия, ишемический инсульт
Цитирование:

Рыбина, А. В. (2024). Идентификация протеоформ мозга мышей: сравнение данных 2D-электрофореза и независимого эксперимента с масс-спектрометрической идентификацией. Биомедицинская химия, 70(6), 475-480.
Список литературы